<P>
&nbsp; <BR>
Hi everybody,<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I had run a long 100ns simulation on a tripeptide using opls/aa force field and <BR>
spc water model.<BR>
I got a few microstates.<BR>
Then I tried to run simulation on the same system using charmm force field and tip3p water <BR>
model.<BR>
However I couldn't find the microstates. Within the first 10 ns the system adopts the final<BR>
 configuration that was observed in the simulation using oplsaa force field.<BR>
 <BR>
 <BR>
 The process I used to run gromacs with charmm and tip3p water model is<BR>
 <BR>
 pdb2gmx -f opls.gro -ff charmm -ter -water tip3p<BR>
 <BR>
 charmm27-run-addtop-gromacs-dihe.sh topol.top new.top<BR>
&nbsp; <BR>
&nbsp; <BR>
 mv new.top topol.top<BR>
 <BR>
 <BR>
 #### I did modify the top file to include &quot;tip3p-charmm.itp&quot; <BR>
 for water topology.<BR>
 <BR>
 <BR>
 editconf -f conf.gro -o box.gro -bt cubic -d 0.75<BR>
 <BR>
 genbox -cs spc216.gro -cp box.gro -p topol.top -o solvated.gro<BR>
 <BR>
 grompp -zero -f em.mdp -c solvated.gro -o em.tpr<BR>
 <BR>
 <BR>
 mdrun -v -s em.tpr<BR>
 <BR>
 <BR>
 Then I generated the &quot;tpr&quot; file for 100ns.<BR>
 <BR>
 The em.mdp file includes :<BR>
 <BR>
 <BR>
 <BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  User spoel (236)<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  Wed Nov&nbsp; 3 17:12:44 1993<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  Input file<BR>
;<BR>
cpp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = /usr/bin/cpp<BR>
constraints&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; none<BR>
integrator&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; steep<BR>
nsteps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 100<BR>
;<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  Energy minimizing stuff<BR>
;<BR>
emtol&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 2000<BR>
emstep&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 0.01<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
nstcomm&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1<BR>
ns_type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; grid<BR>
rlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1<BR>
rcoulomb&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>
rvdw&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>
Tcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; no<BR>
Pcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; no<BR>
gen_vel&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; no<BR>
<BR>
<BR>
The 100ns.mdp file includes:<BR>
<BR>
<BR>
;<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  User spoel (236)<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  Wed Nov&nbsp; 3 17:12:44 1993<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  Input file<BR>
;<BR>
title&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; Yo<BR>
cpp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; /usr/bin/cpp<BR>
constraints&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; all-bonds<BR>
integrator&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; md<BR>
dt&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp; &nbsp; ; ps !<BR>
nsteps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 50000000 ; total 10000 ps.<BR>
nstcomm&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1<BR>
nstxout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 250<BR>
nstvout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1000<BR>
nstfout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 0<BR>
nstlog&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 250<BR>
nstenergy&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 250<BR>
nstlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 10<BR>
ns_type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; grid<BR>
rlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1.0<BR>
rcoulomb&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>
rvdw&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>
; Berendsen temperature coupling is on in two groups<BR>
Tcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; berendsen<BR>
tc-grps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; Protein&nbsp; SOL<BR>
tau_t&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 0.1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.1<BR>
ref_t&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 300&nbsp; &nbsp; &nbsp; 300<BR>
; Energy monitoring<BR>
energygrps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp; SOL<BR>
; Isotropic pressure coupling is now on<BR>
Pcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; berendsen<BR>
Pcoupltype&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = isotropic<BR>
tau_p&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 0.5<BR>
compressibility&nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 4.5e-5<BR>
ref_p&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1.0<BR>
; Generate velocites is off at 300 K.<BR>
gen_vel&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; no<BR>
gen_temp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 300.0<BR>
gen_seed&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 173529<BR>
<BR>
<BR>
Can anyone suggest why am I not getting the microstates with &quot;charmm &quot; force field.<BR>
Is there anything more that I needed to do and I missed. I am sorry for such a lengthy query<BR>
<BR>
<BR>
Thanks in advance<BR>
<BR>
Sarbani<BR>

</P>
<br><br>