<div dir="ltr">Using the parameters listed earlier I equalized my system after trying to place the oxygen and nitrogen molecules evenly throughout my system.&nbsp; The result showed the nitrogen molecules fairly even throughout the system but all the oxygen molecules on one side.&nbsp; Any ideas on why the system might not be equalizing out to an even distribution of oxygen by nitrogen?<br>
<br>Andy<br><br>It seems because your box should be a bit longer to succeed. Try to<br>
enlarge the side (13.2 nm) length.<br>
<br>
<br>
2008/8/21 Andy Shelley &lt;<a href="mailto:robert.shelley@gmail.com">robert.shelley@gmail.com</a>&gt;:<br>
&gt; No problem the term flattens is porbably not the best technical<br>
&gt; description. &nbsp;A better one would be the cnt collapses.<br>
&gt;<br>
&gt; Andy<br>
&gt;<br>
&gt; On Thu, Aug 21, 2008 at 8:34 AM, Vitaly Chaban &lt;<a href="mailto:chaban@univer.kharkov.ua">chaban@univer.kharkov.ua</a>&gt;<br>
&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Actually I think I am using the gromos force field. I have been using<br>
&gt;&gt; &gt; Christopher Stiles page as a guide to get started with using CNT<br>
&gt;&gt; &gt; <a href="http://cs86.com/CNSE/SWNT.htm" target="_blank">http://cs86.com/CNSE/SWNT.htm</a>. I realize now that all the modifications<br>
&gt;&gt; &gt; were<br>
&gt;&gt; &gt; made to ffgmx files. &nbsp;So I believe I am using the gromos forcefield. Is<br>
&gt;&gt; &gt; the<br>
&gt;&gt; &gt; forcefield used defined by the parameters? I have added nonbonded<br>
&gt;&gt; &gt; parameters<br>
&gt;&gt; &gt; to ffgmxnb.itp as the following:<br>
&gt;&gt; &gt; [ nonboned_params ]<br>
&gt;&gt; &gt; &nbsp; O &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp;1 0.0069 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.4016E-05<br>
&gt;&gt; &gt; &nbsp; &nbsp;O &nbsp; &nbsp;O &nbsp; &nbsp;1 0.0061 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;9.9676E-06<br>
&gt;&gt; &gt; &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp;1 0.0076 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.8778E-05<br>
&gt;&gt; &gt; &nbsp; &nbsp;C &nbsp; &nbsp;O &nbsp; &nbsp;1 0.0030 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;4.7908E-06<br>
&gt;&gt; &gt; &nbsp; &nbsp;C &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp;1 0.0033 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;6.5271E-06<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; and the same for pairtypes<br>
&gt;&gt; &gt; &nbsp;[ pairtypes ]<br>
&gt;&gt; &gt; &nbsp; &nbsp;C &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp;1 &nbsp;0.0033 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 6.5271E-06<br>
&gt;&gt; &gt; &nbsp; &nbsp;C &nbsp; &nbsp;O &nbsp; &nbsp;1 &nbsp;0.0030 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4.7908E-06<br>
&gt;&gt; &gt; &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp;1 &nbsp;0.0076 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.8778E-05<br>
&gt;&gt; &gt; &nbsp; &nbsp;O &nbsp; &nbsp;O &nbsp; &nbsp;1 &nbsp;0.0061 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 9.9676E-06<br>
&gt;&gt; &gt; &nbsp; &nbsp;O &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp;1 &nbsp;0.0069 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.4016E-05<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; I have put just 200 nitrogen molecules in a 24.7nm x 24.7nm x 12.3nm box<br>
&gt;&gt; &gt; with a 10,10 cnt length 12.3nm. &nbsp;The nitrogen molecules appear to not<br>
&gt;&gt; &gt; even<br>
&gt;&gt; &gt; interact with the cnt but it still flattens. &nbsp;Any ideas?<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Andy,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hi. Sorry for my English, what do you mean saying &quot;cnt flattens&quot;?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Again, is everything right with your box side length. I mean if the<br>
&gt;&gt; cnt fits in the box (the rim atoms)?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; Vitaly V. Chaban<br>
&gt;&gt; School of Chemistry<br>
&gt;&gt; National University of Kharkiv<br>
&gt;&gt; Svoboda sq., 4, Kharkiv 61077, Ukraine<br>
&gt;&gt; email: <a href="mailto:chaban@univer.kharkov.ua">chaban@univer.kharkov.ua</a><br>
&gt;&gt; skype: vvchaban<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Vitaly V. Chaban<br>
School of Chemistry<br>
National University of Kharkiv<br>
Svoboda sq., 4, Kharkiv 61077, Ukraine<br>
email: <a href="mailto:chaban@univer.kharkov.ua">chaban@univer.kharkov.ua</a><br>
skype: vvchaban<br>
</div>