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<div class=Section1>

<p class=MsoNormal>Hi all!<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>From an/during an MD simulation of a
protein in water or urea solvent I would like to extract the forces acting on
certain protein atoms from the whole solvent (that is, one protein atom but all
solvent) at for example every 10<sup>th</sup> timestep.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>With nstfout I can set the frequency for
output but how can I choose to output only some of the forces? How to remove
the protein intramolecular forces from the protein &#8211; solvent forces? How
to choose only some protein atoms?<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>If it is more convenient, perhaps there is
a possibility to re-calculate the forces based on the trajectory file?<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Thank you!<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Regards<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>Matteus
Lindgren <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>Graduate
student <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>Department
of Chemistry<br>
Umeå University<br>
SE-901 87 Umeå, Sweden<br>
Tel: +46 (0)90 786 53 68<br>
e-mail: <a href="mailto:barbara.addario@chem.umu.se"><span style='color:blue'>matteus.lindgren@chem.umu.se</span></a></span><span
lang=EN-US><o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

</div>

</body>

</html>