<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hello Justin, sorry for the delay but I was trying repeat all my steps once more so that I was sure that the error would come out the same. It did.</blockquote>
<div>Here is a part of my itp file:<br>;<br>;&nbsp;&nbsp; &nbsp;File &#39;1vkxdna_A.itp&#39; was generated<br>;&nbsp;&nbsp; &nbsp;By user: onbekend (0)<br>;&nbsp;&nbsp; &nbsp;On host: onbekend<br>;&nbsp;&nbsp; &nbsp;At date: Wed Aug 27 11:46:27 2008<br>;<br>;&nbsp;&nbsp; &nbsp;This is your include topology file<br>
;&nbsp;&nbsp; &nbsp;MY_DUPLEX<br>;<br>[ moleculetype ]<br>; Name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>Protein_A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br><br>[ atoms ]<br>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp; typeB&nbsp;&nbsp;&nbsp; chargeB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; massB<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 amber99_25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp; H5T&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4422&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.4422<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 amber99_43&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp; O5&#39;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.6318&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1896<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 amber99_11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp; C5&#39;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.0069&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1965<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 amber99_19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp; H5&#39;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0754&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1211<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 amber99_19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp; H5&#39;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0754&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.0457<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 amber99_11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp; C4&#39;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1629&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.1172<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7 amber99_19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp; H4&#39;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1176&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.2348<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8 amber99_44&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp; O4&#39;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.3691&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1343<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9 amber99_11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&#39;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.068&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.0663<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10 amber99_20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&#39;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1804&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.1141<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11 amber99_40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.0239&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.01&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.0902<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; amber99_7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2209&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1307<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13 amber99_23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2607&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.13<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; amber99_7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0025&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.1325<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15 amber99_11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2269&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.0944<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16 amber99_18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp; H71&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.077&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.0174<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17 amber99_18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp; H72&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.077&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.0596<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18 amber99_18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp; H73&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.077&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.1366<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; amber99_2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5194&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.656<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20 amber99_41&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.5563&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.0997<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21 amber99_35&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.434&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.01&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.3343<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22 amber99_25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4422&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.1079<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp; amber99_2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5677&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.6756<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24 amber99_41&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.5881&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.0875<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25 amber99_11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&#39;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0713&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.1588<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26 amber99_19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&#39;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0985&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.2573<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27 amber99_11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&#39;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.0854&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.1719<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28 amber99_18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp; H2&#39;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0718&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.2437<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29 amber99_18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp; H2&#39;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0718&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.3155<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30 amber99_44&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DT5&nbsp;&nbsp;&nbsp; O3&#39;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.5232&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.2077<br><br>Here is my pdb2gmx command line:<br>
&nbsp;pdb2gmx -f 1vkxdna.pdb -p 1vkxdna.top -o 1vkxdna.gro<br><br>System charge still comes out as a non integer charge.<br>System has non-zero total charge: -2.151740e+01<br>Thank you again and sorry for the delay<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
<br>
Ragnarok sdf wrote:<br>
<br>
&gt; Tahnk you Justein for the reply.<br>
&gt; I read again chapter 5, this time I tried to be more thorough, but still<br>
&gt; I don&#39;t really understand why my topology is coming out bad. My .itp<br>
&gt; files do not look like the one from the manual abou UREA. What i mean<br>
&gt; is, the angles and bonds parts of the file have only 3 columns. Although<br>
&gt; I read the manual, I am still not sure about the real problem here.<br>
<br>
There is no problem with only having three or four columns, per se. &nbsp;Amber<br>
topologies will be shown as such. &nbsp;The bonded parameters will be read from the<br>
ffamber*bon.itp file. &nbsp;Have you identified the atoms involved in the problematic<br>
bond(s) and angle(s)?<br>
<br>
&gt; You mentioned that each residue should end up with an integer charge.<br>
&gt; Well, mine don&#39;t.<br>
&gt; What exactly do you mean with &quot;post one of your nucleotides here&quot;? From<br>
&gt; my pdb file or from my itp generated files? The entire double helix with<br>
&gt; all nucleotides or really just one of them?<br>
<br>
Post a single nucleotide from the topology. &nbsp;Sorry if I wasn&#39;t clear. &nbsp;What<br>
would be interesting to see is what charges and atom types you&#39;ve been assigning<br>
to each nucleotide.<br>
<br>
&gt; Sorry for asking these details. But I just want to make sure I don&#39;t<br>
&gt; waste your time with useless posts.<br>
<br>
Much appreciated :)<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
&gt; Thank you again<br>
&gt; And thank you in advance<br>
&gt; Fabrício<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
--<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Sat, 23 Aug 2008 23:29:33 +0300<br>
From: &quot;Shay Amram&quot; &lt;<a href="mailto:shayamra@post.tau.ac.il">shayamra@post.tau.ac.il</a>&gt;<br>
Subject: RE: [gmx-users] groups to write to trr<br>
To: &lt;<a href="mailto:vvchaban@gmail.com">vvchaban@gmail.com</a>&gt;, &nbsp; &nbsp; &nbsp; &quot;&#39;Discussion list for GROMACS users&#39;&quot;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:20080823202940.593C5BEF6@doar.tau.ac.il">20080823202940.593C5BEF6@doar.tau.ac.il</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;us-ascii&quot;<br>
<br>
I think you should try using:<br>
<br>
trjconv -f file.trr -o file_with_groups_of_interest.trr -n index.ndx<br>
<br>
<br>
<br>
You should create the relevant index group (that includes all atoms of<br>
interest) &nbsp;before invoking the above command. You&#39;ll be prompted to choose a<br>
group so choose the group you created and trjconv will write an output trr<br>
that includes the group you picked alone.<br>
<br>
<br>
<br>
Hope that helps.<br>
<br>
-Shay<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-----Original Message-----<br>
From: <a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org">gmx-users-bounces@gromacs.org</a> [mailto:<a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org">gmx-users-bounces@gromacs.org</a>]<br>
On Behalf Of Vitaly Chaban<br>
Sent: Friday, August 22, 2008 14:05 PM<br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Subject: [gmx-users] groups to write to trr<br>
<br>
<br>
<br>
Hi,<br>
<br>
<br>
<br>
Is it possible to write only the specified groups to the TRR<br>
<br>
trajectory like using xtc-grps key for XTC?<br>
<br>
<br>
<br>
We calculate VACFs and so need velocities to be written but only the<br>
<br>
velocity of some groups are of interest, not of all the particles. The<br>
<br>
&quot;full&quot; TRRs take extremely huge space...<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
Thanks.<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
<br>
Vitaly V. Chaban<br>
<br>
School of Chemistry<br>
<br>
National University of Kharkiv<br>
<br>
Svoboda sq., 4, Kharkiv 61077, Ukraine<br>
<br>
email: <a href="mailto:chaban@univer.kharkov.ua">chaban@univer.kharkov.ua</a><br>
<br>
skype: vvchaban<br>
<br>
_______________________________________________<br>
<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
<br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
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An HTML attachment was scrubbed...<br>
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<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
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Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
<br>
End of gmx-users Digest, Vol 52, Issue 97<br>
*****************************************<br>
</blockquote></div><br></div>