; ; File '1vm52.top' was generated ; By user: onbekend (0) ; On host: onbekend ; At date: Tue Aug 26 09:24:39 2008 ; ; This is your topology file ; PEPTIDE A5 OR AUREIN 1.2 ; ; Include forcefield parameters #include "ffG53a5.itp" [ moleculetype ] ; Name nrexcl Protein_A 3 [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB 1 NL 1 GLY N 1 -0.83 14.0067 ; qtot -0.83 2 H 1 GLY H1 1 0.415 1.008 ; qtot -0.415 3 H 1 GLY H2 1 0.415 1.008 ; qtot 0 4 CH2 1 GLY CA 2 0 14.027 ; qtot 0 5 C 1 GLY C 3 0.45 12.011 ; qtot 0.45 6 O 1 GLY O 3 -0.45 15.9994 ; qtot 0 7 N 2 LEU N 4 -0.31 14.0067 ; qtot -0.31 8 H 2 LEU H 4 0.31 1.008 ; qtot 0 9 CH1 2 LEU CA 5 0 13.019 ; qtot 0 10 CH2 2 LEU CB 5 0 14.027 ; qtot 0 11 CH1 2 LEU CG 6 0 13.019 ; qtot 0 12 CH3 2 LEU CD1 6 0 15.035 ; qtot 0 13 CH3 2 LEU CD2 6 0 15.035 ; qtot 0 14 C 2 LEU C 7 0.45 12.011 ; qtot 0.45 15 O 2 LEU O 7 -0.45 15.9994 ; qtot 0 16 N 3 PHE N 8 -0.31 14.0067 ; qtot -0.31 17 H 3 PHE H 8 0.31 1.008 ; qtot 0 18 CH1 3 PHE CA 9 0 13.019 ; 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ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5 2 1 4 5 1 gd_29 1 4 5 7 1 gd_40 4 5 7 9 1 gd_14 5 7 9 14 1 gd_39 7 9 10 11 1 gd_34 7 9 14 16 1 gd_40 9 10 11 12 1 gd_34 9 14 16 18 1 gd_14 14 16 18 31 1 gd_39 16 18 19 20 1 gd_34 16 18 31 33 1 gd_40 18 19 20 21 1 gd_40 18 31 33 35 1 gd_14 31 33 35 40 1 gd_39 33 35 36 37 1 gd_34 33 35 40 42 1 gd_40 35 36 37 38 1 gd_40 35 40 42 44 1 gd_14 40 42 44 49 1 gd_39 42 44 45 46 1 gd_34 42 44 49 51 1 gd_40 44 45 46 48 1 gd_34 44 49 51 53 1 gd_14 49 51 53 58 1 gd_39 51 53 54 55 1 gd_34 51 53 58 60 1 gd_40 53 54 55 57 1 gd_34 53 58 60 62 1 gd_14 58 60 62 71 1 gd_39 60 62 63 64 1 gd_34 60 62 71 73 1 gd_40 62 63 64 65 1 gd_34 63 64 65 66 1 gd_34 64 65 66 67 1 gd_34 65 66 67 68 1 gd_29 62 71 73 75 1 gd_14 71 73 75 84 1 gd_39 73 75 76 77 1 gd_34 73 75 84 86 1 gd_40 75 76 77 78 1 gd_34 76 77 78 79 1 gd_34 77 78 79 80 1 gd_34 78 79 80 81 1 gd_29 75 84 86 88 1 gd_14 84 86 88 93 1 gd_39 86 88 89 90 1 gd_34 86 88 93 95 1 gd_40 88 89 90 92 1 gd_34 88 93 95 97 1 gd_14 93 95 97 99 1 gd_39 95 97 99 101 1 gd_40 97 99 101 103 1 gd_14 99 101 103 109 1 gd_39 101 103 104 105 1 gd_34 101 103 109 111 1 gd_40 103 104 105 106 1 gd_34 104 105 106 108 1 gd_40 103 109 111 113 1 gd_14 109 111 113 117 1 gd_39 111 113 114 115 1 gd_34 111 113 117 119 1 gd_40 113 114 115 116 1 gd_23 113 117 119 121 1 gd_14 117 119 121 134 1 gd_39 119 121 122 123 1 gd_34 119 121 134 135 1 gd_29 121 122 123 124 1 gd_40 [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 5 4 7 6 2 gi_1 7 5 9 8 2 gi_1 9 7 14 10 2 gi_2 10 12 13 11 2 gi_2 14 9 16 15 2 gi_1 16 14 18 17 2 gi_1 18 16 31 19 2 gi_2 19 23 21 20 2 gi_1 20 21 25 29 2 gi_1 20 23 27 29 2 gi_1 21 20 25 22 2 gi_1 21 20 23 27 2 gi_1 21 25 29 27 2 gi_1 23 20 27 24 2 gi_1 23 20 21 25 2 gi_1 23 27 29 25 2 gi_1 25 29 21 26 2 gi_1 27 29 23 28 2 gi_1 29 25 27 30 2 gi_1 31 18 33 32 2 gi_1 33 31 35 34 2 gi_1 35 33 40 36 2 gi_2 36 39 38 37 2 gi_1 40 35 42 41 2 gi_1 42 40 44 43 2 gi_1 44 42 49 45 2 gi_2 44 47 46 45 2 gi_2 49 44 51 50 2 gi_1 51 49 53 52 2 gi_1 53 51 58 54 2 gi_2 53 56 55 54 2 gi_2 58 53 60 59 2 gi_1 60 58 62 61 2 gi_1 62 60 71 63 2 gi_2 71 62 73 72 2 gi_1 73 71 75 74 2 gi_1 75 73 84 76 2 gi_2 84 75 86 85 2 gi_1 86 84 88 87 2 gi_1 88 86 93 89 2 gi_2 88 91 90 89 2 gi_2 93 88 95 94 2 gi_1 95 93 97 96 2 gi_1 97 95 99 98 2 gi_2 99 97 101 100 2 gi_1 101 99 103 102 2 gi_1 103 101 109 104 2 gi_2 105 108 107 106 2 gi_1 109 103 111 110 2 gi_1 111 109 113 112 2 gi_1 113 111 117 114 2 gi_2 117 113 119 118 2 gi_1 119 117 121 120 2 gi_1 121 119 134 122 2 gi_2 122 126 124 123 2 gi_1 123 124 128 132 2 gi_1 123 126 130 132 2 gi_1 124 123 128 125 2 gi_1 124 123 126 130 2 gi_1 124 128 132 130 2 gi_1 126 123 130 127 2 gi_1 126 123 124 128 2 gi_1 126 130 132 128 2 gi_1 128 132 124 129 2 gi_1 130 132 126 131 2 gi_1 132 128 130 133 2 gi_1 ; Include Position restraint file #ifdef POSRES #include "1vm52.itp" #endif ; Include water topology #include "spc.itp" #ifdef POSRES_WATER ; Position restraint for each water oxygen [ position_restraints ] ; i funct fcx fcy fcz 1 1 1000 1000 1000 #endif ; Include generic topology for ions #include "ions.itp" #include "tfe.itp" [ system ] ; Name PEPTIDE A5 OR AUREIN 1.2 in water 30%TFE [ molecules ] ; Compound #mols Protein_A 1 SOL 67 TFE 7