<div dir="ltr">Hello Justin. You asked about adding solvents or ions. Well I added solvent to the box using genbox, but the non integer total charge comes from the beggining of the proccess, directly from pdb2gmx. Ions didn&#39;t have the chance to get to that part, since my grompp command gives out error about bond parameters, angles and stuff.<br>
I&#39;ve tried to use the structure directly from my pdb file, but that didn&#39;t work as well. Then I tried using the NAB server to create a double helix. And that does not seem to work as well. <br>You told me to take a look at the last line of my itp files generated from pdb2gmx and look for qtot. The problem is that there is no qtot whatsoever on my itp files bonds section.<br>
Maybe I could use some other software to create my double helix...I mean wouldn&#39;t it be easier just to start over with a system you know it works? If you have any suggestions on that, I do appreciate.<br>Thank you again<br>
Fabrício Bracht<br></div>