<div dir="ltr">Hello Justin. I know I just sent you an email in reply to your last one, but now things seemed to have finally worked out. What I did was simply to add a Cytidine residue to the 5&#39; end and a Guanine to the 3&#39; end of each chain.<br>
Now all of a sudden I have integer charge and everything seems to work out just fine.<br>I tried this because the dickerson.pdb file test given by AMBER finishes with those residues, so I thought why not try.<br>Well, I am glad things worked, but still if you want me to try and correct the previous errors, in order to add knowledge for future gromacs&#39; users, I would be glad to continue.<br>
Thank you again<br>Fabrício Bracht<br></div>