<div dir="ltr">Hi there,<br>while running gromacs in parallel with double precision, during grompp_d I am getting following warning in output file along with other status..<br><br><br>...<br>...<br>...<br>WARNING 1 [file 1XU9_A.top, line unknown]:<br>

&nbsp; The largest charge group contains 12 atoms.<br>
&nbsp; Since atoms only see each other when the centers of geometry of the charge<br>
&nbsp; groups they belong to are within the cut-off distance, too large charge<br>
&nbsp; groups can lead to serious cut-off artifacts.<br>
&nbsp; For efficiency and accuracy, charge group should consist of a few atoms.<br>
&nbsp; For all-atom force fields use: CH3, CH2, CH, NH2 NH, OH, CO2, CO, etc.<br>...<br>...<br>...<br>...<br>...<br>WARNING 2 [file aminoacids.dat, line 1]:<br>&nbsp; T-Coupling group protein has fewer than 10% of the atoms (2626 out of<br>

&nbsp; 45599)<br>&nbsp; Maybe you want to try Protein and Non-Protein instead?<br>WARNING 3 [file aminoacids.dat, line 1]:<br>&nbsp; T-Coupling group NDP has fewer than 10% of the atoms (61 out of 45599)<br>&nbsp; Maybe you want to try Protein and Non-Protein instead?<br>

......<br>.<br>.<br>.<br>.<br>.<br>What these warnings indicates and how can they be rectified ?<br>
<br>
just a guess, Is there any relation with tau_t mentioned in .mdp file
corresponding to protein and NDP i.e. 0.1 (for warning 2 and 3)<br>
if it is, then how can we reduce the number of sol atoms i.e. very high 43000(approx).<br><br>Any idea of this would be of great help.<br><br>With Thanks,<br>Vivek<br>
<br>
<br></div>