<P>
&nbsp; <BR>
<BR>
Thanks Justin for your quick reply<BR>
the g_hbond command ran succesfully and gave me .xvg file and it contain 3 columns <BR>
that is like<BR>
<BR>
@&nbsp; &nbsp; title &quot;Hydrogen Bonds&quot;<BR>
@&nbsp; &nbsp; xaxis&nbsp; label &quot;Time&quot;<BR>
@&nbsp; &nbsp; yaxis&nbsp; label &quot;Number&quot;<BR>
@TYPE xy<BR>
@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85<BR>
@ legend on<BR>
@ legend box on<BR>
@ legend loctype view<BR>
@ legend 0.78, 0.8<BR>
@ legend length 2<BR>
@ s0 legend &quot;Hydrogen bonds&quot;<BR>
@ s1 legend &quot;Pairs within 0.35 nm&quot;<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 79&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  674<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 87&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  687<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.4&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 80&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  693<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.6&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 69&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  690<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.8&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 79&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  691<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  1&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 74&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  690<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 81&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  700<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.4&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 75&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  681<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.6&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 83&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  687<BR>
<BR>
the first column is time then could please tell about 2nd and 3rd columns<BR>
Thanks in advance.<BR>
 <BR>
On Thu, 28 Aug 2008 Justin A.Lemkul wrote :<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;minnale wrote:<BR>
&gt;&gt;&nbsp; Hi all,<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  I am new to gromacs, I am interested in calculate Hydrogen bonds of my protein. So I have issued the *g_hbond command like this<BR>
&gt;&gt;g_hbond -f .xtc -s .tpr -n .ndx(Index file contain all residues mainchain+H atoms) -num .xvg -g .log<BR>
&gt;&gt;its showed<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;Program g_hbond, VERSION 3.3.1<BR>
&gt;&gt;Source code file: statutil.c, line: 799<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;Invalid command line argument:<BR>
&gt;&gt;-g<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;Can you please tell where I have done mistake?<BR>
&gt;&gt;Thanks in advance for your valuable suggestions.<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;The error tells you exactly what the problem is.&nbsp; There is no such option.&nbsp; The -g flag appears in newer versions of Gromacs.<BR>
&gt;<BR>
&gt;-Justin<BR>
&gt;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;------------------------------------------------------------------------<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;_______________________________________________<BR>
&gt;&gt;gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt;&gt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>
&gt;&gt;Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>
&gt;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>
&gt;&gt;Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>
&gt;<BR>
&gt;-- ========================================<BR>
&gt;<BR>
&gt;Justin A. Lemkul<BR>
&gt;Graduate Research Assistant<BR>
&gt;Department of Biochemistry<BR>
&gt;Virginia Tech<BR>
&gt;Blacksburg, VA<BR>
&gt;jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<BR>
&gt;http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<BR>
&gt;<BR>
&gt;========================================<BR>

</P>
<br><br>