<P>
&nbsp; <BR>
Thanks for your reply David<BR>
Yesterday I have issued the command like this<BR>
g_hbond -f .xtc -s .tpr -n .ndx -num .xvg -g .log it has showed that invalid command line argument -g and got answer from archives that I am using gromacs version 3.3.1 but -g flag I can use for version recent versions. <BR>
Is there anyway to get .log file using with gromacs 3.3.1<BR>
<BR>
On Fri, 29 Aug 2008 gmx-users-request@gromacs.org wrote :<BR>
&gt;Send gmx-users mailing list submissions to<BR>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt;<BR>
&gt;To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<BR>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>
&gt;or, via email, send a message with subject or body 'help' to<BR>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;gmx-users-request@gromacs.org<BR>
&gt;<BR>
&gt;You can reach the person managing the list at<BR>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;gmx-users-owner@gromacs.org<BR>
&gt;<BR>
&gt;When replying, please edit your Subject line so it is more specific<BR>
&gt;than &quot;Re: Contents of gmx-users digest...&quot;<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;Today's Topics:<BR>
&gt;<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; 1. Re: Re: [gmx-users] g_hbond + invalid command line argument<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  -g (minnale )<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; 2. a question about the content in atm-pair.out file (Cao, Yang)<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; 3. about connections&nbsp; (ravi sharma)<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; 4. Re: g_hbond + invalid command line argument -g<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  (David van der Spoel)<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;----------------------------------------------------------------------<BR>
&gt;<BR>
&gt;Message: 1<BR>
&gt;Date: 29 Aug 2008 04:48:02 -0000<BR>
&gt; From: &quot;minnale &quot; &lt;minnale_gnos@rediffmail.com&gt;<BR>
&gt;Subject: Re: Re: [gmx-users] g_hbond + invalid command line argument<BR>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-g<BR>
&gt;To: &quot;gmx-users1&quot; &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>
&gt;Message-ID: &lt;20080829044802.3682.qmail@f5mail-237-208.rediffmail.com&gt;<BR>
&gt;Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;Thanks Justin for your reply<BR>
&gt;I am interested to get file which contain how many hydrogen bonds are there in my protein and the bonds present between which atoms?<BR>
&gt;Is there anyway to get this file<BR>
&gt;can you please tell me,<BR>
&gt;Thanks in advance for your kind suggestion<BR>
&gt;<BR>
&gt;On Thu, 28 Aug 2008 Justin A.Lemkul wrote :<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;minnale wrote:<BR>
&gt; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;Thanks Justin for your quick reply<BR>
&gt; &gt;&gt;the g_hbond command ran succesfully and gave me .xvg file and it contain 3 columns<BR>
&gt; &gt;&gt;that is like<BR>
&gt; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;@&nbsp; &nbsp; title &quot;Hydrogen Bonds&quot;<BR>
&gt; &gt;&gt;@&nbsp; &nbsp; xaxis&nbsp; label &quot;Time&quot;<BR>
&gt; &gt;&gt;@&nbsp; &nbsp; yaxis&nbsp; label &quot;Number&quot;<BR>
&gt; &gt;&gt;@TYPE xy<BR>
&gt; &gt;&gt;@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85<BR>
&gt; &gt;&gt;@ legend on<BR>
&gt; &gt;&gt;@ legend box on<BR>
&gt; &gt;&gt;@ legend loctype view<BR>
&gt; &gt;&gt;@ legend 0.78, 0.8<BR>
&gt; &gt;&gt;@ legend length 2<BR>
&gt; &gt;&gt;@ s0 legend &quot;Hydrogen bonds&quot;<BR>
&gt; &gt;&gt;@ s1 legend &quot;Pairs within 0.35 nm&quot;<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 79&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 674<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 87&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 687<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.4&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 80&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 693<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.6&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 69&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 690<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.8&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 79&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 691<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  1&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 74&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 690<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 81&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 700<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.4&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 75&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 681<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.6&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 83&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 687<BR>
&gt; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;the first column is time then could please tell about 2nd and 3rd columns<BR>
&gt; &gt;&gt;Thanks in advance.<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;Read the header of the file, specifically:<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;@ s0 legend &quot;Hydrogen bonds&quot;<BR>
&gt; &gt;@ s1 legend &quot;Pairs within 0.35 nm&quot;<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;Gromacs always prints legends for what the data mean.<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;-Justin<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;On Thu, 28 Aug 2008 Justin A.Lemkul wrote :<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;minnale wrote:<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; Hi all,<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; I am new to gromacs, I am interested in calculate Hydrogen bonds of my protein. So I have issued the *g_hbond command like this<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;g_hbond -f .xtc -s .tpr -n .ndx(Index file contain all residues mainchain+H atoms) -num .xvg -g .log<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;its showed<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;Program g_hbond, VERSION 3.3.1<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;Source code file: statutil.c, line: 799<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;Invalid command line argument:<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;-g<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;Can you please tell where I have done mistake?<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;Thanks in advance for your valuable suggestions.<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;The error tells you exactly what the problem is.&nbsp; There is no such option.&nbsp; The -g flag appears in newer versions of Gromacs.<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;-Justin<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;------------------------------------------------------------------------<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;_______________________________________________<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;-- ========================================<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;Justin A. Lemkul<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;Graduate Research Assistant<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;Department of Biochemistry<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;Virginia Tech<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;Blacksburg, VA<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;&nbsp; &gt;========================================<BR>
&gt; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;------------------------------------------------------------------------<BR>
&gt; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&gt;_______________________________________________<BR>
&gt; &gt;&gt;gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt; &gt;&gt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>
&gt; &gt;&gt;Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>
&gt; &gt;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>
&gt; &gt;&gt;Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;-- ========================================<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;Justin A. Lemkul<BR>
&gt; &gt;Graduate Research Assistant<BR>
&gt; &gt;Department of Biochemistry<BR>
&gt; &gt;Virginia Tech<BR>
&gt; &gt;Blacksburg, VA<BR>
&gt; &gt;jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<BR>
&gt; &gt;http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;========================================<BR>
&gt;-------------- next part --------------<BR>
&gt;An HTML attachment was scrubbed...<BR>
&gt;URL: http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20080829/aa271446/attachment-0001.html<BR>
&gt;<BR>
&gt;------------------------------<BR>
&gt;<BR>
&gt;Message: 2<BR>
&gt;Date: Fri, 29 Aug 2008 00:19:33 -0500<BR>
&gt; From: &quot;Cao, Yang&quot; &lt;yang.cao@ttu.edu&gt;<BR>
&gt;Subject: [gmx-users] a question about the content in atm-pair.out file<BR>
&gt;To: &quot;gmx-users@gromacs.org&quot; &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>
&gt;Cc: &quot;Hase, Bill&quot; &lt;bill.hase@ttu.edu&gt;<BR>
&gt;Message-ID: &lt;E173365B57CAD5458AB0D1AABD88ACE14C10BBB3E7@CRIUS.ttu.edu&gt;<BR>
&gt;Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<BR>
&gt;<BR>
&gt;Hello all,<BR>
&gt;Sorry to bother you, I have a question about the content in the file atm-pair.out file which is generated by the command g_mindist. Here is several lines of the file:<BR>
&gt;&quot;<BR>
&gt;<BR>
&gt;0.000000e+00 114 72<BR>
&gt;<BR>
&gt;1.000000e+01 114 72<BR>
&gt;<BR>
&gt;2.000000e+01 85 66<BR>
&gt;<BR>
&gt;3.000000e+01 85 65<BR>
&gt;<BR>
&gt;4.000000e+01 82 66<BR>
&gt;<BR>
&gt;5.000000e+01 111 71&quot;<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;the first column is the time but I am not sure about the next two columns, Are they the number of atoms in each group which are caculated during the process?<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;Best wishes?<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;Department of Chemistry and Biochemistry<BR>
&gt;Tesax Tech University<BR>
&gt;Lubbock, TX 79409<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;------------------------------<BR>
&gt;<BR>
&gt;Message: 3<BR>
&gt;Date: Thu, 28 Aug 2008 23:24:50 -0700 (PDT)<BR>
&gt; From: ravi sharma &lt;rdsharma_4u@yahoo.com&gt;<BR>
&gt;Subject: [gmx-users] about connections<BR>
&gt;To: gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt;Message-ID: &lt;23975.21952.qm@web50609.mail.re2.yahoo.com&gt;<BR>
&gt;Content-Type: text/plain; charset=&quot;utf-8&quot;<BR>
&gt;<BR>
&gt;hello guys,<BR>
&gt;Â<BR>
&gt;is there any idea how to extract no. of connections from trejectory....................?<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;Ravi Datta Sharma<BR>
&gt;Lecturer,<BR>
&gt;Bioinformatics,<BR>
&gt;Department of Microbiology,<BR>
&gt;CCS Unversity,<BR>
&gt;Meerut<BR>
&gt;                                                        Â<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  Check out the all-new face of Yahoo! India. Go to http://in.yahoo.com/<BR>
&gt;-------------- next part --------------<BR>
&gt;An HTML attachment was scrubbed...<BR>
&gt;URL: http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20080828/31908157/attachment-0001.html<BR>
&gt;<BR>
&gt;------------------------------<BR>
&gt;<BR>
&gt;Message: 4<BR>
&gt;Date: Fri, 29 Aug 2008 08:44:31 +0200<BR>
&gt; From: David van der Spoel &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;<BR>
&gt;Subject: Re: [gmx-users] g_hbond + invalid command line argument -g<BR>
&gt;To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>
&gt;Message-ID: &lt;48B79ACF.8050807@xray.bmc.uu.se&gt;<BR>
&gt;Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<BR>
&gt;<BR>
&gt;minnale wrote:<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; Thanks Justin for your reply<BR>
&gt; &gt; I am interested to get file which contain how many hydrogen bonds are<BR>
&gt; &gt; there in my protein and the bonds present between which atoms?<BR>
&gt; &gt; Is there anyway to get this file<BR>
&gt; &gt; can you please tell me,<BR>
&gt;<BR>
&gt;g_hbond -h<BR>
&gt;<BR>
&gt; &gt; Thanks in advance for your kind suggestion<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; On Thu, 28 Aug 2008 Justin A.Lemkul wrote :<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;minnale wrote:<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;Thanks Justin for your quick reply<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;the g_hbond command ran succesfully and gave me .xvg file and it<BR>
&gt; &gt; contain 3 columns<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;that is like<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;@&nbsp; &nbsp; title &quot;Hydrogen Bonds&quot;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;@&nbsp; &nbsp; xaxis&nbsp; label &quot;Time&quot;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;@&nbsp; &nbsp; yaxis&nbsp; label &quot;Number&quot;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;@TYPE xy<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;@ legend on<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;@ legend box on<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;@ legend loctype view<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;@ legend 0.78, 0.8<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;@ legend length 2<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;@ s0 legend &quot;Hydrogen bonds&quot;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;@ s1 legend &quot;Pairs within 0.35 nm&quot;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 79&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 674<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 87&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 687<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.4&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 80&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 693<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.6&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 69&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 690<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.8&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 79&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 691<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 74&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 690<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 81&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 700<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.4&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 75&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 681<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.6&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 83&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 687<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;the first column is time then could please tell about 2nd and 3rd columns<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;Thanks in advance.<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;Read the header of the file, specifically:<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;@ s0 legend &quot;Hydrogen bonds&quot;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;@ s1 legend &quot;Pairs within 0.35 nm&quot;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;Gromacs always prints legends for what the data mean.<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;-Justin<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;On Thu, 28 Aug 2008 Justin A.Lemkul wrote :<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;minnale wrote:<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; Hi all,<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; I am new to gromacs, I am interested in calculate Hydrogen<BR>
&gt; &gt; bonds of my protein. So I have issued the *g_hbond command like this<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;g_hbond -f .xtc -s .tpr -n .ndx(Index file contain all residues<BR>
&gt; &gt; mainchain+H atoms) -num .xvg -g .log<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;its showed<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;Program g_hbond, VERSION 3.3.1<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;Source code file: statutil.c, line: 799<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;Invalid command line argument:<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;-g<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;Can you please tell where I have done mistake?<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;Thanks in advance for your valuable suggestions.<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;The error tells you exactly what the problem is.&nbsp; There is no such<BR>
&gt; &gt; option.&nbsp; The -g flag appears in newer versions of Gromacs.<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;-Justin<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;------------------------------------------------------------------------<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;_______________________________________________<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before<BR>
&gt; &gt; posting!<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www<BR>
&gt; &gt; interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;&gt;Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;-- ========================================<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;Justin A. Lemkul<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;Graduate Research Assistant<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;Department of Biochemistry<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;Virginia Tech<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;Blacksburg, VA<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; &gt;========================================<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;------------------------------------------------------------------------<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;_______________________________________________<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before<BR>
&gt; &gt; posting!<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www<BR>
&gt; &gt; interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;-- ========================================<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;Justin A. Lemkul<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;Graduate Research Assistant<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;Department of Biochemistry<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;Virginia Tech<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;Blacksburg, VA<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;========================================<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; Rediff Shopping<BR>
&gt; &gt; &lt;http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/2206641_2199021/2201649/1?PARTNER=3&amp;OAS_QUERY=null&gt;<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; _______________________________________________<BR>
&gt; &gt; gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>
&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>
&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>
&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>
&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;--<BR>
&gt;David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<BR>
&gt;Molec. Biophys. group, Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<BR>
&gt;Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:&nbsp; &nbsp; &nbsp;+46184714205. Fax: +4618511755.<BR>
&gt;spoel@xray.bmc.uu.se&nbsp; &nbsp; &nbsp;spoel@gromacs.org&nbsp;  http://folding.bmc.uu.se<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;------------------------------<BR>
&gt;<BR>
&gt;_______________________________________________<BR>
&gt;gmx-users mailing list<BR>
&gt;gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>
&gt;Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>
&gt;<BR>
&gt;End of gmx-users Digest, Vol 52, Issue 118<BR>
&gt;******************************************<BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/2401775_2394076/2397136/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2401775_2394076/creative_2397136.gif'  alt='Ebay'  border=0></a></td></TR></Table>