Dear colleagues,<br><br>I need to use simple distance restraints of 12.5 A between two CA atoms of two residues. I am using the following lines in the .itp file<br><br>#ifdef DDISRES<br>[distance_restraints]<br>;ai&nbsp;&nbsp; aj type index type' low&nbsp;&nbsp; up1&nbsp; up2&nbsp; fac<br>1703 1712 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.5&nbsp; 12.0 12.5 1.0<br><br>The first feww line of .mdp file for minimisation of protein alone is <br><br>; Preprocessing<br>;<br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; ${MOL}<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /lib/cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;Preprocessor<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DDISRES&nbsp; ;For cg, and also steep<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; After minimisation, the restarined residues &amp; the adjacent bonds break. This results in fragmnets - residues alone, peptide bond alone and the rest of the protein. The distance restrained residues seems to try to move towards each other (6.04 A after minimisation) and this might have caused fragmentation. I tried to use various upper and lower values for bond length so as to increase flexibility. But, still I end up in the fragments. <br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Some of the suggestions in the archive says VMD doesn't show bonds if they r above threshold value. When I checked the distances between the atoms, one of them is really long CO-CA bond 3.23 A (normally its 1.59A). This means the bond is no longer there.<br><br>I appreciate any suggestions in this regard.<br><br>Thanks &amp; regards,<br>Latha.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>