<div dir="ltr">Dear Vitaly Chaban,<br><br>Thanks for your kind sugestions. I did followed the way you mentioned for calcualting the diffusion constants. I like to have a better understanding of what I have done.<br><br>g_velacc:<br>
<br>g_velacc&nbsp; -f&nbsp;&nbsp; -s&nbsp; -o&nbsp; -aceflen <br><br>Since, mine is a single protein, I have not defined any index file and I am calculating the g_velacc on backbone atoms.<br><br>as the manual says, -aceflen will define the number of frames to be taken into consideration i suppose.<br>
<br>Here, though with the option -s we are calculting the momentum auto correlation function, but still we are considering it as velocity auto correlation funciton. Is it alright or as the other user mentioned we need to devide the correlation value with square of the mass of the protein ?<br>
<br>g_analyze:<br><br>here, the numerical integration is done by trapezium rule. Ideally we need to carryout the integration from 0 to infinity but since our auto correlation function is calculated on a short period of time (which is close to t=0), the integration is evaluated only on this period i suppose. The output I got is the following:<br>
<br><br>&nbsp;Calculating the integral using the trapezium rule<br>Integral 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.99279&nbsp; +/-&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; std. dev.&nbsp;&nbsp;&nbsp; relative deviation of<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; standard&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ---------&nbsp;&nbsp; cumulants from those of<br>
set&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deviation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sqrt(n-1)&nbsp;&nbsp; a Gaussian distribition<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cum. 3&nbsp;&nbsp; cum. 4<br>SS1&nbsp;&nbsp; 3.975160e-02&nbsp;&nbsp; 1.960813e-01&nbsp;&nbsp; 4.002493e-02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.939&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.669<br>
<br><br>is the 0.99279 is the integral value or any thing else ? Which value I can compare with the value obtained by g_msd. My g_msd value is 1.7*10^-6 cm**2/s which is reasonably good compared to the experimental value.<br>
<br><br>Thanks and Regards,<br>Ram.<br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Aug 31, 2008 at 2:18 PM, rams rams <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:rams.crux@gmail.com">rams.crux@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div dir="ltr">How to monitor the motion of center of mass of a protein as it is the case all the time to monitor this during the calculations of diffusion and correlation functions. How far the values will be different if we monitor the motion of backbone atoms rather than the center of mass motion.<br>

<br>I still dont have any idea how to get the diffusion constant using g_velacc. <br><br>Ram. <br><div><div></div><div class="Wj3C7c"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Aug 31, 2008 at 4:28 AM, Vitaly Chaban <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:chaban@univer.kharkov.ua" target="_blank">chaban@univer.kharkov.ua</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div>&gt; No special reason, just mundane ones: computing the diffusion constant<br>

&gt; through mean square displacement is easier in terms of convergence.<br>
<br>
</div>But it is not applicable in the anisotropic systems, for example in<br>
ones with spatial confinements present... :)<br>
<div><br>
<br>
<br>
--<br>
Vitaly V. Chaban<br>
School of Chemistry<br>
National University of Kharkiv<br>
Svoboda sq.,4, Kharkiv 61077, Ukraine<br>
email: <a href="mailto:chaban@univer.kharkov.ua" target="_blank">chaban@univer.kharkov.ua</a><br>
skype: vvchaban<br>
<br>
</div><div><div></div><div>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>