<P>
&nbsp; <BR>
Hi all, <BR>
&nbsp;  I am confusing while calculating hydrogen bonds of my protein.I issued this command g_hbond -f .xtc -s .tpr -num .xvg <BR>
I didnt mention .ndx because I wanted to know the H-bonds in whole protein system. I have selected mainchain+H two times, command went fine and it showed <BR>
<BR>
Select a group: 7<BR>
Selected 7: 'MainChain+H'<BR>
Select a group: 7<BR>
Selected 7: 'MainChain+H'<BR>
Calculating hydrogen bonds in MainChain+H (881 atoms)<BR>
Found 170 donors and 355 acceptors<BR>
Reading frame&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0 time&nbsp; &nbsp; 0.000&nbsp;  <BR>
Will do grid-seach on 16x16x16 grid, rcut=0.35<BR>
Reading frame&nbsp;  37000 time 7400.000&nbsp;  <BR>
Average number of hbonds per timeframe 81.692 out of 30175 possible<BR>
gcq#295: &quot;It Just Tastes Better&quot; (Burger King) <BR>
<BR>
It generated .xvg file and it con@&nbsp; &nbsp; title &quot;Hydrogen Bonds&quot;<BR>
@&nbsp; &nbsp; xaxis&nbsp; label &quot;Time&quot;<BR>
@&nbsp; &nbsp; yaxis&nbsp; label &quot;Number&quot;<BR>
@TYPE xy<BR>
@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85<BR>
@ legend on<BR>
@ legend box on<BR>
@ legend loctype view<BR>
@ legend 0.78, 0.8<BR>
@ legend length 2<BR>
@ s0 legend &quot;Hydrogen bonds&quot;<BR>
@ s1 legend &quot;Pairs within 0.35 nm&quot;<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 79&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  674<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 87&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  687<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.4&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 80&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  693<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  .<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  .<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  .<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; .<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; .<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; etc<BR>
<BR>
1.Could you please tell me the way I have done was correct or not?<BR>
2. how can I make h-bond existence map?<BR>
3. For this is it require to write programming or script? 
</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/2206641_2199021/2201650/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2206641_2199021/creative_2201650.gif'  alt='Rediff Shopping '  border=0></a></td></TR></Table>