Hi,<br><br><br>The atoms are separated by 12 A (1.2<br>&gt; nm). The atoms I restrained are 1703 &amp; 1712 (6151 &amp; 6160 atoms are also<br>&gt; from the same residues). These are the residues that looks as if they<br>&gt; are no bonds between them. ( residues alone, peptide bond alone and the<br>&gt; rest of the protein).<br><br>How is it that atoms that are 900 indices apart are in the same residues.&nbsp; I<br>don't understand.&nbsp; Do you mean that all four of these atoms are in the same<br>residue?&nbsp; Then they definitely aren't amino acids!&nbsp; Are these two separate<br>residues bridged by a distance restraint, that you are considering one residue?<br>&nbsp; Is there some bond defined in the topology between *any* of these atoms?<br><br>My protein has 5 chains. 1703 &amp; 1712 are the numbers from chainC.itp file. This includes the distance restraints -<br><br>#ifdef DDISRES<br>[ distance_restraints ]<br>;ai&nbsp;&nbsp; aj type index type' low&nbsp;&nbsp; up1&nbsp; up2&nbsp; fac<br>1703 1712 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.15&nbsp; 1.20 1.25 1.0<br>#endif<br><br>6151 &amp; 6160 atoms are the numbers from .gro file reported by the .job file. 6151 is N of residue 584 and 1703 is CA of the same redsidue. Residue 584 &amp; 585 are placed have 14 residues missing between them. 6160 is N of residue 585 &amp;&nbsp; 1712 is the corresponding CA.<br><br>&gt;Then, are you correctly applying "define = -DDDISRES" in your .mdp as I<br>&gt;suggested previously?<br><br>I did correctly use the -DDDISRES, as suggested by you, which is as follows:<br><br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; ${MOL}<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /lib/cpp<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DDDISRES<br><br><br>Thanks &amp; regards,<br>Latha.<br><br><br>----- Original Message -----<br>From: "Justin A. Lemkul" &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br>Date: Wednesday, September 3, 2008 5:36 pm<br>Subject: Re: Bonds break while Minimising using distance restraints<br>To: plmallip@mail.uh.edu, Gromacs Users' List &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; plmallip@mail.uh.edu wrote:<br>&gt; &gt; Hi Justin,<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thanks for your prompt <br>&gt; suggestions.&nbsp; I hope I didn't cause any <br>&gt; &gt; sort of inconvenience by E-mailing you directly. <br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; I say this constantly - it is always better to keep the <br>&gt; discussion on the list <br>&gt; so that, if I don't have the complete right answer (which <br>&gt; happens often!) <br>&gt; someone else can weigh in and help out.&nbsp; It is also helpful <br>&gt; to complete <br>&gt; discussions in the archives.&nbsp; There's nothing more <br>&gt; frustrating than finding your <br>&gt; exact problem in the archives, only to find out that the thread <br>&gt; dies off without <br>&gt; a solution :)<br>&gt; <br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;I thought you were applying a 12-nm distance restrain <br>&gt; to atoms in the <br>&gt; &gt; 7000's, so<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;I'm confused as to why atoms615 1 and 6160 should be 12 <br>&gt; nm apart <br>&gt; &gt; (assuming, of<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;course, that you meant to say nm instead of A :)<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am sorry for the confusion. <br>&gt; The atoms are separated by 12 A (1.2 <br>&gt; &gt; nm). The atoms I restrained are 1703 &amp; 1712 (6151 &amp; 6160 atoms <br>&gt; are also <br>&gt; &gt; from the same residues). These are the residues that looks as <br>&gt; if they <br>&gt; &gt; are no bonds between them. ( residues alone, peptide bond <br>&gt; alone and the <br>&gt; &gt; rest of the protein).<br>&gt; <br>&gt; How is it that atoms that are 900 indices apart are in the same <br>&gt; residues.&nbsp; I <br>&gt; don't understand.&nbsp; Do you mean that all four of these atoms <br>&gt; are in the same <br>&gt; residue?&nbsp; Then they definitely aren't amino acids!&nbsp; <br>&gt; Are these two separate <br>&gt; residues bridged by a distance restraint, that you are <br>&gt; considering one residue? <br>&gt; &nbsp; Is there some bond defined in the topology between *any* <br>&gt; of these atoms?<br>&gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; While doing grompp I get the following "removed 1 distance <br>&gt; restraints". <br>&gt; &gt; Does this mean, the distance restraint isn't imposed at all?<br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; That would be a pretty clear indication to me that distance <br>&gt; restraints are not <br>&gt; being applied.<br>&gt; <br>&gt; &gt;&nbsp; I corrected the distance restraints I used as<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; #ifdef DDISRES<br>&gt; &gt; [distance_restraints]<br>&gt; &gt; ;ai&nbsp;&nbsp; aj type index type' low up1&nbsp;&nbsp; <br>&gt; up2&nbsp; fac<br>&gt; &gt; 1703 1712 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.15&nbsp; 1.20 1.25 1.0<br>&gt; &gt; #endif<br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; Then, are you correctly applying "define = -DDDISRES" in your <br>&gt; .mdp as I <br>&gt; suggested previously?<br>&gt; <br>&gt; http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2008-September/036136.html<br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt; &gt; I endup with the same error. Is there any possible way to get <br>&gt; over this <br>&gt; &gt; problem?<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; I appreciate your help in this regard.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; wamr regards,<br>&gt; &gt; Latha.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; There is no chance of <br>&gt; steric clashes between 6151 &amp; 6160. They are<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; seperated by 12 A. ("Warning: 1-4 interaction between <br>&gt; 6151 and 6160 at<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; distance 1.387 which is larger than the 1-4 table size <br>&gt; 1.000 nm. These<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; are ignored for the rest of the simulation. This <br>&gt; usually means your<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; system is exploding") I cannot build the missing <br>&gt; residues without<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; knowing the secondary structure. I am already running <br>&gt; one simulation<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; with built residues. But, my ultimate goal is to run <br>&gt; dynamics with<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; distance restraints.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Are you sure you are identifying the correct atoms?&nbsp; A 1-<br>&gt; 4 interaction <br>&gt; &gt; involves<br>&gt; &gt; atoms that are very close together (in fact, three bonds <br>&gt; away).&nbsp; Are you <br>&gt; &gt; saying<br>&gt; &gt; that they are separated by 12 A (1.2 nm) or by 12 nm?&nbsp; If <br>&gt; they are <br>&gt; &gt; starting 12 A<br>&gt; &gt; (1.2 nm) away, then the error message still makes sense.&nbsp; <br>&gt; If they are 12 nm<br>&gt; &gt; away, then I suspect that some sort of bond or restraint is <br>&gt; being applied<br>&gt; &gt; improperly.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; I thought you were applying a 12-nm distance restrain to atoms <br>&gt; in the <br>&gt; &gt; 7000's, so<br>&gt; &gt; I'm confused as to why atoms615 1 and 6160 should be 12 nm <br>&gt; apart <br>&gt; &gt; (assuming, of<br>&gt; &gt; course, that you meant to say nm instead of A :)<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; -Justin<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; My sytem is <br>&gt; an pentamer. Here is the toplogy file<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; ; Include forcefield parameters<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; #include "ffG43a1.itp"<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; ; Include chain topologies<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; #include "chnrc_A.itp"<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; #include "chnrc_B.itp"<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; #include "chnrc_C.itp"<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; #include "chnrc_D.itp"<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; #include "chnrc_E.itp"<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; ; Include water topology<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; #include "spce.itp"<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; #ifdef POSRES_WATER<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; ; Position restraint for each water oxygen<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; [ position_restraints ]<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; ;&nbsp; i funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; fcx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcz<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; #endif<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; ; Include generic topology for ions<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; #include "ions.itp"<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; [ system ]<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; ; Name<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; Protein in water<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; [ molecules ]<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; ; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; <br>&gt; Protein_A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; <br>&gt; Protein_B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; <br>&gt; Protein_C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; <br>&gt; Protein_D&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; <br>&gt; Protein_E&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; <br>&gt; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55419<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; <br>&gt; NA+&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 54<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; Thanks &amp; regards,<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; Latha.<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; plmallip@mail.uh.edu wrote:<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; Hi Justin, thanks for your response. You are <br>&gt; right. I get the<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; following<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; message in the .job file<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; "Warning: 1-4 interaction between 6151 and <br>&gt; 6160 at distance<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; 1.387 which<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; is larger than the 1-4 table size 1.000 nm<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; These are ignored for the rest of the simulation<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; This usually means your system is exploding"<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; The atoms I restrained are 1703 &amp; 1712 (6151 <br>&gt; &amp; 6160 atoms are<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; also from<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; the same residues). The distance between <br>&gt; them is 12 A (there<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; are 14<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; missing residues in between). My aim is to <br>&gt; use distance<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; restraints,<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; without building missing residues in <br>&gt; between. Is there any way<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; I can<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; overcome this warning why minimizing the system?<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; It's very hard to say, because none of us <br>&gt; knows what's in your<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; system, topology,<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; or how you built things :)<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; You have some type of nasty steric clash <br>&gt; that's driving atoms<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; 6151 and 6160<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; apart.&nbsp; Visualize the trajectory (.trr) <br>&gt; to see if you can<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; identify where things<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; start to break down.&nbsp; I don't know if the <br>&gt; distance&gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; restraint has anything to do<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; with the problem or not.<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; Is there a problem with building missing <br>&gt; residues?&nbsp; That<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; might make life quite a<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; bit easier in the long run.<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; -Justin<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; Thanks &amp; regards,<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; Latha.<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt; Dear colleagues,<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt; I need to use simple distance <br>&gt; restraints of 12.5 A<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; between two CA atoms<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt; of two residues. I am using the <br>&gt; following lines in the<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; .itp file<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt; #ifdef DDISRES<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt; [distance_restraints]<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt; ;ai&nbsp;&nbsp; aj type index type' low<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; up1&nbsp; up2&nbsp; fac<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt; 1703 1712 1<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; 11.5&nbsp; 12.0<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; 12.5 1.0<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt; The first feww line of .mdp file for <br>&gt; minimisation of<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; protein alone is<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt; ; Preprocessing<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt; ;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; <br>&gt; title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; ${MOL}<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; <br>&gt; cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /lib/cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;Preprocessor<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; <br>&gt; define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DDISRES&nbsp; ;For cg, and also steep<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; You are not actually applying your distance <br>&gt; restraint.&gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; If you have "#ifdef<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; DDISRES," then you would have to "define = -<br>&gt; DDDISRES" in the<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; .mdp file.<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; What<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; you probably meant to define was "#ifdef <br>&gt; DISRES" in the topology.<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; After minimisation, the restarined residues &amp; <br>&gt; the adjacent<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt; bonds break. This results in <br>&gt; fragmnets - residues<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; alone, peptide bond<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt; alone and the rest of the protein. <br>&gt; The distance<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; restrained residues<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt; seems to try to move towards each <br>&gt; other (6.04 A after<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; minimisation) and<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt; this might have caused <br>&gt; fragmentation. I tried to use<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; various upper and<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt; lower values for bond length so as <br>&gt; to increase<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; flexibility. But, still I<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt; end up in the fragments.<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; Bonds don't break in classical MD, this is <br>&gt; just an artifact of<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; visualization,<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; probably from nasty steric clashes within <br>&gt; your structure.<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; <br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Some<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; of the suggestions in the archive says VMD <br>&gt; doesn't show<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt; bonds if they r above threshold <br>&gt; value. When I checked<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; the distances<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt; between the atoms, one of them is <br>&gt; really long CO-CA<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; bond 3.23 A<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp; &gt; (normally its 1.59A). This means the <br>&gt; bond is no longer<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; there.&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; No, the bond is there, VMD just isn't smart <br>&gt; enough to see it<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; :)&nbsp; You are<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; probably well on your way to an explosion if <br>&gt; you try to<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; constrain bond<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; lengths<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; with LINCS, however.<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; &gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Graduate Research Assistant<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt;