Hi,<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; There is no chance of steric clashes between 6151 &amp; 6160. They are seperated by 12 A. ("Warning: 1-4 interaction between 6151 and 6160 at distance 1.387 which is larger than the 1-4 table size 1.000 nm. These are ignored for the rest of the simulation. This usually means your system is exploding") I cannot build the missing residues without knowing the secondary structure. I am already running one simulation with built residues. But, my ultimate goal is to run dynamics with distance restraints.<br>&nbsp;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; My sytem is an pentamer. Here is the toplogy file<br><br>; Include forcefield parameters<br>#include "ffG43a1.itp"<br><br>; Include chain topologies<br>#include "chnrc_A.itp"<br>#include "chnrc_B.itp"<br>#include "chnrc_C.itp"<br>#include "chnrc_D.itp"<br>#include "chnrc_E.itp"<br><br>; Include water topology<br>#include "spce.itp"<br><br>#ifdef POSRES_WATER<br>; Position restraint for each water oxygen<br>[ position_restraints ]<br>;&nbsp; i funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcz<br>&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000<br>#endif<br><br>; Include generic topology for ions<br>#include "ions.itp"<br><br>[ system ]<br>; Name<br>Protein in water<br><br>[ molecules ]<br>; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<br>Protein_A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>Protein_B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>Protein_C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>Protein_D&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>Protein_E&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55419<br>NA+&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 54<br><br><br>Thanks &amp; regards,<br>Latha.<br><br>&gt; &gt; plmallip@mail.uh.edu wrote:<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Hi Justin, thanks for your response. You are right. I get the <br>&gt; following <br>&gt; &gt; message in the .job file<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; "Warning: 1-4 interaction between 6151 and 6160 at distance <br>&gt; 1.387 which <br>&gt; &gt; is larger than the 1-4 table size 1.000 nm<br>&gt; &gt; These are ignored for the rest of the simulation<br>&gt; &gt; This usually means your system is exploding"<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; The atoms I restrained are 1703 &amp; 1712 (6151 &amp; 6160 atoms are <br>&gt; also from <br>&gt; &gt; the same residues). The distance between them is 12 A (there <br>&gt; are 14 <br>&gt; &gt; missing residues in between). My aim is to use distance <br>&gt; restraints, <br>&gt; &gt; without building missing residues in between. Is there any way <br>&gt; I can <br>&gt; &gt; overcome this warning why minimizing the system?<br>&gt; <br>&gt; It's very hard to say, because none of us knows what's in your <br>&gt; system, topology, <br>&gt; or how you built things :)<br>&gt; <br>&gt; You have some type of nasty steric clash that's driving atoms <br>&gt; 6151 and 6160 <br>&gt; apart.&nbsp; Visualize the trajectory (.trr) to see if you can <br>&gt; identify where things <br>&gt; start to break down.&nbsp; I don't know if the distance <br>&gt; restraint has anything to do <br>&gt; with the problem or not.<br>&gt; <br>&gt; Is there a problem with building missing residues?&nbsp; That <br>&gt; might make life quite a <br>&gt; bit easier in the long run.<br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Thanks &amp; regards,<br>&gt; &gt; Latha.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; Dear colleagues,<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; I need to use simple distance restraints of 12.5 A <br>&gt; between two CA atoms<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; of two residues. I am using the following lines in the <br>&gt; .itp file<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; #ifdef DDISRES<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; [distance_restraints]<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; ;ai&nbsp;&nbsp; aj type index type' low&nbsp;&nbsp; <br>&gt; up1&nbsp; up2&nbsp; fac<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; 1703 1712 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.5&nbsp; 12.0 <br>&gt; 12.5 1.0<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; The first feww line of .mdp file for minimisation of <br>&gt; protein alone is<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; ; Preprocessing<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; ;<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; <br>&gt; title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; ${MOL}<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; <br>&gt; cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /lib/cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;Preprocessor<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; <br>&gt; define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DDISRES&nbsp; ;For cg, and also steep<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; You are not actually applying your distance restraint.&nbsp; <br>&gt; If you have "#ifdef<br>&gt; &gt; DDISRES," then you would have to "define = -DDDISRES" in the <br>&gt; .mdp file.&nbsp; <br>&gt; &gt; What<br>&gt; &gt; you probably meant to define was "#ifdef DISRES" in the topology.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; After minimisation, the restarined residues &amp; the adjacent<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; bonds break. This results in fragmnets - residues <br>&gt; alone, peptide bond<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; alone and the rest of the protein. The distance <br>&gt; restrained residues<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; seems to try to move towards each other (6.04 A after <br>&gt; minimisation) and<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; this might have caused fragmentation. I tried to use <br>&gt; various upper and<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; lower values for bond length so as to increase <br>&gt; flexibility. But, still I<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; end up in the fragments.<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Bonds don't break in classical MD, this is just an artifact of <br>&gt; &gt; visualization,<br>&gt; &gt; probably from nasty steric clashes within your structure.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Some <br>&gt; of the suggestions in the archive says VMD doesn't show<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; bonds if they r above threshold value. When I checked <br>&gt; the distances<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; between the atoms, one of them is really long CO-CA <br>&gt; bond 3.23 A<br>&gt; &gt;&nbsp; &gt; (normally its 1.59A). This means the bond is no longer <br>&gt; there.&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; No, the bond is there, VMD just isn't smart enough to see it <br>&gt; :)&nbsp; You are<br>&gt; &gt; probably well on your way to an explosion if you try to <br>&gt; constrain bond <br>&gt; &gt; lengths<br>&gt; &gt; with LINCS, however.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; -Justin<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; ---------------------------------------------------------------<br>&gt; ---------<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Graduate Research Assistant<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>