<P>
&nbsp; <BR>
<BR>
Thanks Justin for your valuable suggestions<BR>
I have done the way you suggested. I gave command like this<BR>
g_hbond -f .xtc -s .tpr .ndx(contain 5 residues mainchain+H 25 atoms)&nbsp; -num .xvg -hbm .xpm<BR>
it showed <BR>
Select a group: 15<BR>
Selected 15: 'MainChain+H_&amp;_r_22_50_56_121_22'<BR>
Select a group: 15<BR>
Selected 15: 'MainChain+H_&amp;_r_22_50_56_121_22'<BR>
Calculating hydrogen bonds in MainChain+H_&amp;_r_22_50_56_121_22 (25 atoms)<BR>
Found 4 donors and 8 acceptors<BR>
Reading frame&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0 time&nbsp; &nbsp; 0.000&nbsp;  <BR>
Will do grid-seach on 16x16x16 grid, rcut=0.35<BR>
Reading frame&nbsp;  37000 time 7400.000&nbsp;  <BR>
No hydrogen bonds found!!<BR>
Average number of hbonds per timeframe 0.000 out of 16 possible<BR>
<BR>
gcq#307: &quot;Interfacing Space and Beyond...&quot; (P. J. Harvey)<BR>
<BR>
It displayed there is no Hydrogen bonds in selected mainchain+H residues. but it showed 4 donors and 8 acceptors, that doesnt mean that its having H-bond?<BR>
Later<BR>
when I tried to convert .xpm to .eps by using command<BR>
xpm2ps -f .xpm -o .eps it showed<BR>
Floating point exception<BR>
Can you please give me your kind suggestion<BR>
&nbsp; <BR>
Thanks in advance. <BR>
<BR>
On Wed, 03 Sep 2008 Justin A.Lemkul wrote :<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;minnale wrote:<BR>
&gt;&gt;&nbsp; Hi all,<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  I am confusing while calculating hydrogen bonds of my protein.I issued this command g_hbond -f .xtc -s .tpr -num .xvg<BR>
&gt;&gt;I didnt mention .ndx because I wanted to know the H-bonds in whole protein system. I have selected mainchain+H two times, command went fine and it showed<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;Select a group: 7<BR>
&gt;&gt;Selected 7: 'MainChain+H'<BR>
&gt;&gt;Select a group: 7<BR>
&gt;&gt;Selected 7: 'MainChain+H'<BR>
&gt;&gt;Calculating hydrogen bonds in MainChain+H (881 atoms)<BR>
&gt;&gt;Found 170 donors and 355 acceptors<BR>
&gt;&gt;Reading frame&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0 time&nbsp; &nbsp; 0.000 Will do grid-seach on 16x16x16 grid, rcut=0.35<BR>
&gt;&gt;Reading frame&nbsp; 37000 time 7400.000 Average number of hbonds per timeframe 81.692 out of 30175 possible<BR>
&gt;&gt;gcq#295: &quot;It Just Tastes Better&quot; (Burger King)<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;It generated .xvg file and it con@&nbsp; &nbsp; title &quot;Hydrogen Bonds&quot;<BR>
&gt;&gt;@&nbsp; &nbsp; xaxis&nbsp; label &quot;Time&quot;<BR>
&gt;&gt;@&nbsp; &nbsp; yaxis&nbsp; label &quot;Number&quot;<BR>
&gt;&gt;@TYPE xy<BR>
&gt;&gt;@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85<BR>
&gt;&gt;@ legend on<BR>
&gt;&gt;@ legend box on<BR>
&gt;&gt;@ legend loctype view<BR>
&gt;&gt;@ legend 0.78, 0.8<BR>
&gt;&gt;@ legend length 2<BR>
&gt;&gt;@ s0 legend &quot;Hydrogen bonds&quot;<BR>
&gt;&gt;@ s1 legend &quot;Pairs within 0.35 nm&quot;<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 79&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 674<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 87&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 687<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.4&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 80&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 693<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  .<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  .<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  .<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  .<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  .<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  etc<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;1.Could you please tell me the way I have done was correct or not?<BR>
&gt;<BR>
&gt;For calculating H-bonds within the MainChain, yes.&nbsp; You have not determined all of the H-bonds in the protein, however, because you are not including side chains in the calculation.<BR>
&gt;<BR>
&gt;&gt;2. how can I make h-bond existence map?<BR>
&gt;<BR>
&gt;Is g_hbond -hbm not what you want?<BR>
&gt;<BR>
&gt;-Justin<BR>
&gt;<BR>
&gt;&gt;3. For this is it require to write programming or script?<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;Rediff Shopping &lt;http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/2206641_2199021/2201650/1?PARTNER=3&amp;OAS_QUERY=null&gt;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;------------------------------------------------------------------------<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;_______________________________________________<BR>
&gt;&gt;gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt;&gt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>
&gt;&gt;Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>
&gt;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>
&gt;&gt;Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>
&gt;<BR>
&gt;-- ========================================<BR>
&gt;<BR>
&gt;Justin A. Lemkul<BR>
&gt;Graduate Research Assistant<BR>
&gt;Department of Biochemistry<BR>
&gt;Virginia Tech<BR>
&gt;Blacksburg, VA<BR>
&gt;jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<BR>
&gt;http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<BR>
&gt;<BR>
&gt;========================================<BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-default.htm/1050715198@Middle5/2401775_2394076/2397136/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2401775_2394076/creative_2397136.gif'  alt='Ebay'  border=0></a></td></TR></Table>