<br>plmallip@mail.uh.edu wrote:<br><br>Hi Justin, thanks for your response. You are right. I get the following message in the .job file<br><br>"Warning: 1-4 interaction between 6151 and 6160 at distance 1.387 which is larger than the 1-4 table size 1.000 nm<br>These are ignored for the rest of the simulation<br>This usually means your system is exploding"<br><br>The atoms I restrained are 1703 &amp; 1712 (6151 &amp; 6160 atoms are also from the same residues). The distance between them is 12 A (there are 14 missing residues in between). My aim is to use distance restraints, without building missing residues in between. Is there any way I can overcome this warning why minimizing the system?<br><br>Thanks &amp; regards,<br>Latha.<br><br><br>&gt; Dear colleagues,<br>&gt;<br>&gt; I need to use simple distance restraints of 12.5 A between two CA atoms<br>&gt; of two residues. I am using the following lines in the .itp file<br>&gt;<br>&gt; #ifdef DDISRES<br>&gt; [distance_restraints]<br>&gt; ;ai&nbsp;&nbsp; aj type index type' low&nbsp;&nbsp; up1&nbsp; up2&nbsp; fac<br>&gt; 1703 1712 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.5&nbsp; 12.0 12.5 1.0<br>&gt;<br>&gt; The first feww line of .mdp file for minimisation of protein alone is<br>&gt;<br>&gt; ; Preprocessing<br>&gt; ;<br>&gt; title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; ${MOL}<br>&gt; cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /lib/cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;Preprocessor<br>&gt; define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DDISRES&nbsp; ;For cg, and also steep<br>&gt;<br><br>You are not actually applying your distance restraint.&nbsp; If you have "#ifdef<br>DDISRES," then you would have to "define = -DDDISRES" in the .mdp file.&nbsp; What<br>you probably meant to define was "#ifdef DISRES" in the topology.<br><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; After minimisation, the restarined residues &amp; the adjacent<br>&gt; bonds break. This results in fragmnets - residues alone, peptide bond<br>&gt; alone and the rest of the protein. The distance restrained residues<br>&gt; seems to try to move towards each other (6.04 A after minimisation) and<br>&gt; this might have caused fragmentation. I tried to use various upper and<br>&gt; lower values for bond length so as to increase flexibility. But, still I<br>&gt; end up in the fragments.<br>&gt;<br><br>Bonds don't break in classical MD, this is just an artifact of visualization,<br>probably from nasty steric clashes within your structure.<br><br><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Some of the suggestions in the archive says VMD doesn't show<br>&gt; bonds if they r above threshold value. When I checked the distances<br>&gt; between the atoms, one of them is really long CO-CA bond 3.23 A<br>&gt; (normally its 1.59A). This means the bond is no longer there.<br>&gt;<br><br>No, the bond is there, VMD just isn't smart enough to see it :)&nbsp; You are<br>probably well on your way to an explosion if you try to constrain bond lengths<br>with LINCS, however.<br><br>-Justin<br>