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<div class=Section1>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Dear all,<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US> <o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US> a
similar problem was proposed in this list in 2002:<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:21.0pt;text-indent:21.0pt'><span
lang=EN-US> <a
href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2002-August/002339.html">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2002-August/002339.html</a><o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal style='text-indent:21.0pt'><span lang=EN-US>I cannot solve
my problem, when testing <i>tip5p</i> in gromacs. <o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal style='text-indent:84.0pt'><span lang=EN-US>T( c) density((g/cm^3)
-E(kcal/mol) <o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:21.0pt'><span lang=EN-US>REF1 25.0
0.999 <span
style='color:red'>9.8676</span> <o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US> REF2
25.0 0.984
<span style='color:red'>9.682<o:p></o:p></span></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US> my
results 25.0 0.984
<span style='color:red'>-7.907</span><o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US> (data
published (REF1:<i>JCP 112, p8910 (2000)),<o:p></o:p></i></span></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:84.0pt'><span lang=EN-US> REF2: J.
Chem. Phys. 117(19):8892-8897. (2002)) )<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> <span
style='color:blue'>I want to what results in the big difference above. <o:p></o:p></span></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> my
main parameters:<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal align=left style='margin-left:54.0pt;text-align:left;
text-indent:-18.0pt;mso-list:l0 level1 lfo1;vertical-align:middle'><![if !supportLists]><span
lang=EN-US style='font-size:10.0pt'><span style='mso-list:Ignore'>a.<span
style='font:7.0pt "Times New Roman"'>
</span></span></span><![endif]><i><span lang=EN-US> 512 water
molecules in NVT system from 1ns average collections after 1ns equilibrium.</span></i><span
lang=EN-US style='font-size:10.0pt'><o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:84.0pt;mso-para-margin-left:8.0gd'><i><span
lang=EN-US>integrator
= md<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:84.0pt;mso-para-margin-left:8.0gd'><i><span
lang=EN-US>dt
= 0.001<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:84.0pt;mso-para-margin-left:8.0gd'><i><span
lang=EN-US>nstlist
= 10<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:84.0pt;mso-para-margin-left:8.0gd'><i><span
lang=EN-US>ns_type
= grid<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:84.0pt;mso-para-margin-left:8.0gd'><i><span
lang=EN-US><o:p> </o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:84.0pt;mso-para-margin-left:8.0gd'><i><span
lang=EN-US>pbc
= xyz<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:84.0pt;mso-para-margin-left:8.0gd'><i><span
lang=EN-US>rlist
= 1<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:84.0pt;mso-para-margin-left:8.0gd'><i><span
lang=EN-US>coulombtype
= PME <o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:84.0pt;mso-para-margin-left:8.0gd'><i><span
lang=EN-US>rcoulomb
= 1.0 <o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:84.0pt;mso-para-margin-left:8.0gd'><i><span
lang=EN-US>vdwtype
= cut-off<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:84.0pt;mso-para-margin-left:8.0gd'><i><span
lang=EN-US>rvdw
= 1.22<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:84.0pt;mso-para-margin-left:8.0gd'><i><span
lang=EN-US><o:p> </o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:84.0pt;mso-para-margin-left:8.0gd'><i><span
lang=EN-US>DispCorr
= Ener ;<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:84.0pt;mso-para-margin-left:8.0gd'><i><span
lang=EN-US>fourierspacing
= 0.12<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:84.0pt;mso-para-margin-left:8.0gd'><i><span
lang=EN-US>pme_order
= 6<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:84.0pt;mso-para-margin-left:8.0gd'><i><span
lang=EN-US>Tcoupl
= Berendsen<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:84.0pt;mso-para-margin-left:8.0gd'><i><span
lang=EN-US>tau_t
= 0.5<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal style='margin-left:84.0pt;mso-para-margin-left:8.0gd'><i><span
lang=EN-US>ref_t
= 298<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> <o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> </span></i><span
lang=EN-US style='color:blue'>Thanks a lot in advance!<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Yusong<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>//////////////////////////////////////////////////////////////////////////<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>PS: here is md0.log:<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>CPU= 0, lastcg= 127,
targetcg= 383, myshift= 2<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>CPU= 1, lastcg= 255,
targetcg= 511, myshift= 2<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>CPU= 2, lastcg= 383,
targetcg= 128, myshift= 2<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>CPU= 3, lastcg= 511,
targetcg= 256, myshift= 2<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>nsb->shift = 2,
nsb->bshift= 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Listing Scalars<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>nsb->nodeid:
0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>nsb->nnodes:
4<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>nsb->cgtotal: 512<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>nsb->natoms: 2560<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>nsb->shift:
2<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>nsb->bshift:
0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Nodeid index
homenr cgload workload<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
0 0
640 128 128<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
1 640
640 256 256<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> 2
1280 640
384 384<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
3 1920 640
512 512<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>parameters of the run:<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
integrator = md<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
nsteps
= 1000000<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
init_step = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
ns_type
= Grid<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
nstlist
= 10<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
ndelta
= 2<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
bDomDecomp = FALSE<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
decomp_dir = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
nstcomm
= 1<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
comm_mode =
Linear<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
nstcheckpoint = 1000<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
nstlog
= 1500<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
nstxout
= 250<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
nstvout =
250<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
nstfout
= 250<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
nstenergy =
250<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
nstxtcout =
1000<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
init_t
= 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
delta_t
= 0.001<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
xtcprec
= 1000<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
nkx
= 24<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
nky
= 24<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
nkz
= 21<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
pme_order = 6<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
ewald_rtol = 1e-05<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
ewald_geometry = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
epsilon_surface = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
optimize_fft = TRUE<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
ePBC
= xyz<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
bUncStart =
FALSE<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
bShakeSOR =
FALSE<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
etc
= Berendsen<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
epc
= No<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
epctype
= Isotropic<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
tau_p
= 1<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> ref_p (3x3):<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
ref_p[ 0]={ 0.00000e+00, 0.00000e+00,
0.00000e+00}<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
ref_p[ 1]={ 0.00000e+00, 0.00000e+00,
0.00000e+00}<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
ref_p[ 2]={ 0.00000e+00, 0.00000e+00,
0.00000e+00}<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> compress (3x3):<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
compress[ 0]={ 0.00000e+00, 0.00000e+00,
0.00000e+00}<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
compress[ 1]={ 0.00000e+00, 0.00000e+00,
0.00000e+00}<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
compress[ 2]={ 0.00000e+00, 0.00000e+00,
0.00000e+00}<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
andersen_seed = 815131<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
rlist
= 1<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
coulombtype = PME<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
rcoulomb_switch = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
rcoulomb
= 1<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
vdwtype
= Cut-off<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
rvdw_switch = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
rvdw
= 1.22<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
epsilon_r = 1<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
epsilon_rf = 1<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
tabext
= 1<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
gb_algorithm = Still<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
nstgbradii = 1<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
rgbradii
= 2<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
gb_saltconc = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
implicit_solvent = No<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
DispCorr
= Ener<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
fudgeQQ
= 0.5<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
free_energy = no<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
init_lambda = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
sc_alpha
= 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
sc_power
= 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
sc_sigma
= 0.3<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
delta_lambda = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
disre_weighting = Conservative<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
disre_mixed = FALSE<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
dr_fc
= 1000<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
dr_tau
= 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
nstdisreout = 100<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
orires_fc = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
orires_tau = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> nstorireout
= 100<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
dihre-fc
= 1000<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
dihre-tau = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
nstdihreout = 100<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
em_stepsize = 0.01<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
em_tol
= 10<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
niter
= 20<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
fc_stepsize = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
nstcgsteep = 1000<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
nbfgscorr =
10<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
ConstAlg
= Lincs<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
shake_tol =
1e-04<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
lincs_order = 4<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
lincs_warnangle = 30<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
lincs_iter = 1<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
bd_fric
= 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
ld_seed
= 1993<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
cos_accel = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> deform (3x3):<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
deform[ 0]={ 0.00000e+00, 0.00000e+00,
0.00000e+00}<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
deform[ 1]={ 0.00000e+00, 0.00000e+00,
0.00000e+00}<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
deform[ 2]={ 0.00000e+00, 0.00000e+00,
0.00000e+00}<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
userint1
= 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
userint2
= 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
userint3
= 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
userint4
= 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
userreal1 = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
userreal2 = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
userreal3 = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
userreal4 = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>grpopts:<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
nrdf:
3069<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
ref_t: 298<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
tau_t:
0.5<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>anneal:
No<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>ann_npoints:
0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
acc:
0
0 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
nfreeze:
N
N N<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> energygrp_flags[ 0]:
0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> efield-x:<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> n = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> efield-xt:<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> n = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> efield-y:<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> n = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> efield-yt:<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> n = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> efield-z:<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> n = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> efield-zt:<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> n = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
bQMMM
= FALSE<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
QMconstraints = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
QMMMscheme = 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
scalefactor = 1<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>qm_opts:<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
ngQM
= 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Max number of connections per atom is 4<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Total number of connections is 1536<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Max number of graph edges per atom is 4<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Total number of graph edges is 1024<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Table routines are used for coulomb:
TRUE<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Table routines are used for vdw: FALSE<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Using a Gaussian width (1/beta) of
0.320163 nm for Ewald<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Cut-off's: NS: 1
Coulomb: 1 LJ: 1.22<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>System total charge: 0.000<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Generated table with 1110 data points
for Ewald.<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Tabscale = 500 points/nm<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Generated table with 1110 data points
for LJ6.<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Tabscale = 500 points/nm<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Generated table with 1110 data points
for LJ12.<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Tabscale = 500 points/nm<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Will do PME sum in reciprocal space.<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING
REFERENCE ++++<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>U. Essman, L. Perela, M. L. Berkowitz,
T. Darden, H. Lee and L. G. Pedersen <o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>A smooth particle mesh Ewald method<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>J. Chem. Phys. 103 (1995) pp. 8577-8592<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>-------- -------- --- Thank You ---
-------- --------<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Parallelized PME sum used.<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>PARALLEL FFT DATA:<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
local_nx:
6
local_x_start:
0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>
local_ny_after_transpose: 6
local_y_start_after_transpose 0<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Removing pbc first time<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Done rmpbc<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>Center of mass motion removal mode is
Linear<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>We have the following groups for center
of mass motion removal:<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> 0: System, initial mass:
9223.92<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>There are: 384 Atoms<o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US>There are: 256 VSites <o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US> <o:p></o:p></span></i></p>
<p class=MsoNormal align=left style='text-align:left;line-height:9.0pt;
mso-line-height-rule:exactly'><span lang=EN-US style='font-size:7.5pt;
font-family:SimSun;color:#969696'>---<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal align=left style='text-align:left;line-height:9.0pt;
mso-line-height-rule:exactly'><span lang=EN-US style='font-size:7.5pt;
font-family:SimSun;color:#969696'> P.O.800-204 Haiping Fang Group <o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal align=left style='text-align:left;line-height:9.0pt;
mso-line-height-rule:exactly'><span lang=EN-US style='font-size:7.5pt;
font-family:SimSun;color:#969696'> Shanghai Institute of Applied Physics<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal align=left style='text-align:left;line-height:9.0pt;
mso-line-height-rule:exactly'><span lang=EN-US style='font-size:7.5pt;
font-family:SimSun;color:#969696'> Chinese Academy of Sciences, China
(201800) <o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal align=left style='text-align:left;line-height:4.0pt;
mso-line-height-rule:exactly'><span lang=EN-US style='font-size:7.5pt;
font-family:SimSun;color:#969696'><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal align=left style='text-align:left;line-height:9.0pt;
mso-line-height-rule:exactly'><span lang=EN-US style='font-size:7.5pt;
font-family:SimSun;color:#969696'> Send email to: </span><span lang=EN-US><a
href="mailto:tuyusong@gmail.com"><span style='font-size:7.5pt;font-family:SimSun;
color:blue'>tuyusong@gmail.com</span></a></span><span lang=EN-US
style='font-size:7.5pt;font-family:SimSun;color:#969696'><o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal align=left style='text-align:left;line-height:9.0pt;
mso-line-height-rule:exactly'><span lang=EN-US style='font-size:7.5pt;
font-family:SimSun;color:#969696'> Tel: (int : +86 21 59554533), (loc : 21
59554533)<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p>
</div>
</body>
</html>