<div dir="ltr">Thank you for your answer, but I can&#39;t really get you.<br>I am using gromacs <a href="http://3.3.3.">3.3.3.</a> on CentOS with AMD64 clusters with infiniband connection.<br>I have both INTEL and GNU copilers (gcc4.1.2 and gcc3.4) and openmpi (intel and gnu).<br>
You are saying I don&#39;t have install fftw by myself, aren&#39;t you?<br>Then how can I compile? What is the best option for the performance?<br>I did the followings.<br><br>======================================<br>./configure --prefix=$HOME/gromacs/ --with-fft=fftw2<br>
make<br>make install<br><br>make clean<br>./configure --enable-mpi --disable-nice $HOME/gromacs/ --with-fft=fftw2 --program-suffix=_mpi<br>make mdrun<br>make install-mdrun<br>======================================<br><br>
Is this wrong?<br>Can I compile it with intel compiler?<br><br>I&#39;m sorry. I have so many questions.<br>Please let me know how to compile it.<br><br>Thank you.<br><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 4, 2008 at 11:40 AM, Roland Schulz <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:roland@utk.edu">roland@utk.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Hi,<br><br>Gromacs has it&#39;s own parallel FFT which only uses FFTW for the local FFT. Thus a non-MPI FFTW is fine. and FFTW 3 is faster than 2.<br>
<br>Roland<br><br><div class="gmail_quote"><div><div></div><div class="Wj3C7c">On Thu, Sep 4, 2008 at 8:53 AM, Myunggi Yi <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:myunggi@gmail.com" target="_blank">myunggi@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="Wj3C7c"><div dir="ltr">Dear gmx users,<br><br>fftw3 seems doesn&#39;t support MPI.<br>
Why is the gromacs configuration default fftw3 not fftw2?<br>
Which version should I use for parallel computing?<br><br>Thank you.<br><br clear="all">
<br>-- <br>Best wishes,<br><br>Myunggi Yi<br>==================================<br>KLB 419<br>Institute of Molecular Biophysics<br>Florida State University<br>Tallahassee, FL 32306<br><br>Office: (850) 645-1334<br><a href="http://www.scs.fsu.edu/%7Emyunggi" target="_blank">http://www.scs.fsu.edu/~myunggi</a><br>


<a href="mailto:myunggi@gmail.com" target="_blank">myunggi@gmail.com</a><br>
</div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov" target="_blank">cmb.ornl.gov</a><br>


</div>
<br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Best wishes,<br><br>Myunggi Yi<br>
==================================<br>KLB 419<br>Institute of Molecular Biophysics<br>Florida State University<br>Tallahassee, FL 32306<br><br>Office: (850) 645-1334<br><a href="http://www.scs.fsu.edu/~myunggi">http://www.scs.fsu.edu/~myunggi</a><br>
<a href="mailto:myunggi@gmail.com">myunggi@gmail.com</a><br>
</div>