<div dir="ltr">Hi Xavier,<br><br>I am extremely sorry for incomplete information. But this is a follow up to my previous two emails. Unfortunately I havent received any suggestions for them and it appears like you too missed them. For more clarity I am pasting them here again:<br>
<br><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><meta name="ProgId" content="Word.Document"><meta name="Generator" content="Microsoft Word 12"><meta name="Originator" content="Microsoft Word 12"><link rel="File-List" href="file:///C:%5CUsers%5CLOGIND%7E1%5CAppData%5CLocal%5CTemp%5Cmsohtmlclip1%5C01%5Cclip_filelist.xml"><link rel="themeData" href="file:///C:%5CUsers%5CLOGIND%7E1%5CAppData%5CLocal%5CTemp%5Cmsohtmlclip1%5C01%5Cclip_themedata.thmx"><link rel="colorSchemeMapping" href="file:///C:%5CUsers%5CLOGIND%7E1%5CAppData%5CLocal%5CTemp%5Cmsohtmlclip1%5C01%5Cclip_colorschememapping.xml"><style>
&lt;!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:&quot;Cambria Math&quot;;
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;
        mso-font-charset:1;
        mso-generic-font-family:roman;
        mso-font-format:other;
        mso-font-pitch:variable;
        mso-font-signature:0 0 0 0 0 0;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;
        mso-font-charset:0;
        mso-generic-font-family:swiss;
        mso-font-pitch:variable;
        mso-font-signature:-1610611985 1073750139 0 0 159 0;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {mso-style-unhide:no;
        mso-style-qformat:yes;
        mso-style-parent:&quot;&quot;;
        margin-top:0in;
        margin-right:0in;
        margin-bottom:10.0pt;
        margin-left:0in;
        line-height:115%;
        mso-pagination:widow-orphan;
        font-size:11.0pt;
        font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;
        mso-ascii-font-family:Calibri;
        mso-ascii-theme-font:minor-latin;
        mso-fareast-font-family:&quot;Times New Roman&quot;;
        mso-fareast-theme-font:minor-fareast;
        mso-hansi-font-family:Calibri;
        mso-hansi-theme-font:minor-latin;
        mso-bidi-font-family:&quot;Times New Roman&quot;;
        mso-bidi-theme-font:minor-bidi;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        mso-default-props:yes;
        mso-ascii-font-family:Calibri;
        mso-ascii-theme-font:minor-latin;
        mso-fareast-font-family:&quot;Times New Roman&quot;;
        mso-fareast-theme-font:minor-fareast;
        mso-hansi-font-family:Calibri;
        mso-hansi-theme-font:minor-latin;
        mso-bidi-font-family:&quot;Times New Roman&quot;;
        mso-bidi-theme-font:minor-bidi;}
.MsoPapDefault
        {mso-style-type:export-only;
        margin-bottom:10.0pt;
        line-height:115%;}
@page Section1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;
        mso-header-margin:.5in;
        mso-footer-margin:.5in;
        mso-paper-source:0;}
div.Section1
        {page:Section1;}
--&gt;
</style>

<p class="MsoNormal"><br></p><p class="MsoNormal"><br></p><p class="MsoNormal">Dear users,<br>
<br>
To calculate the rotational auto correlation functions, the command mentioned
in the maual is:<br>
<br>
g_rotacf -P 1 -nparm 2 -fft -n index -o .xvg -fa&nbsp; -beginfit -endfit<br>
<br>
what are the -nparm and -fa options are meant for ?<br>
<br>
Also do we need to use -fitfn option to obtain the rotational auto correlation
functions ??<br>
<br>
Ram.</p>

<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>

<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>

<p class="MsoNormal">Dear users,<br>
<br>
I have given a command like the following to calculate the rotational auto
correlation function:<br>
<br>
&nbsp;g_rotacf -f .trr -s .tpr -P 2 -fft -o .xvg -b 0000 -e 10000&nbsp; -n .ndx
-d <br>
<br>
I want to use the second order Legendre polynomial to fit. I integrated the
resulting .xvg file, to obtain the correlation time using:<br>
<br>
g_analyze -f .xvg&nbsp; -integrate<br>
<br>
The output is the following. Could some one help me in understanding it
betterly.<br>
<br>
Calculating the integral using the trapezium rule<br>
Integral 1&nbsp;&nbsp; 120.92840&nbsp; +/-&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
std. dev.&nbsp;&nbsp;&nbsp; relative deviation of<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
standard&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ---------&nbsp;&nbsp; cumulants
from those of<br>
set&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
deviation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sqrt(n-1)&nbsp;&nbsp; a Gaussian
distribition<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
cum. 3&nbsp;&nbsp; cum. 4<br>
SS1&nbsp;&nbsp; 2.428352e-02&nbsp;&nbsp; 2.972849e-02&nbsp;&nbsp;
4.204243e-04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.301&nbsp;&nbsp; 120.228<br>
<br>
<br>
Which value corresponds to correlation time and in which units (its in ps I suppose) ?<br>
<br>
Thanks in advance.<br>
<br>
Ram.</p>

<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 4, 2008 at 2:32 AM, Xavier Periole <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:X.Periole@rug.nl">X.Periole@rug.nl</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div><div></div><div class="Wj3C7c">On Wed, 3 Sep 2008 23:40:14 -0400<br>
&nbsp;&quot;rams rams&quot; &lt;<a href="mailto:rams.crux@gmail.com" target="_blank">rams.crux@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi,<br>
<br>
I am so surprised for not finding any one who have better experience with<br>
g_rotacf. I have been playing around with it and the time correlation value<br>
I got by g_rotacf is so small in comparison to the time correlation value I<br>
calcualted using the hydrodynamic radius of the protein. The value is nearly<br>
10 times less. Can some one give me a better idea about g_rotacf.<br>
</blockquote></div></div>
Many people have certainly used g_rotacf to get ACFs of different observables.<br>
<br>
Anyways the way you describe your system, command line and your problem does<br>
does not help anyone to help you. Read your message above and think about what<br>
you would answer! You&#39;ve played around with g_rotacf therefore you know it<br>
is not straightforward to give you the magic command.<br>
<br>
XAvier.<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
Ram.<br>
</blockquote>
<br>
-----------------------------------------------------<br>
XAvier Periole - PhD<br>
<br>
Molecular Dynamics Group / NMR and Computation<br>
University of Groningen<br>
The Netherlands<br>
-----------------------------------------------------<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br></div>