<div dir="ltr">I have done the compilation.<br>Thank you so much.<br><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 4, 2008 at 12:08 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
<br>
Myunggi Yi wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="Ih2E3d">
Thank you for your answer, but I can&#39;t really get you.<br></div>
I am using gromacs <a href="http://3.3.3." target="_blank">3.3.3.</a> &lt;<a href="http://3.3.3" target="_blank">http://3.3.3</a>.&gt; on CentOS with AMD64 clusters with infiniband connection.<div class="Ih2E3d"><br>
I have both INTEL and GNU copilers (gcc4.1.2 and gcc3.4) and openmpi (intel and gnu).<br>
You are saying I don&#39;t have install fftw by myself, aren&#39;t you?<br>
Then how can I compile? What is the best option for the performance?<br>
I did the followings.<br>
<br>
======================================<br>
./configure --prefix=$HOME/gromacs/ --with-fft=fftw2<br>
make<br>
make install<br>
<br>
make clean<br>
./configure --enable-mpi --disable-nice $HOME/gromacs/ --with-fft=fftw2 --program-suffix=_mpi<br>
make mdrun<br>
make install-mdrun<br>
======================================<br>
<br>
Is this wrong?<br>
</div></blockquote>
<br>
Seems reasonable, did it work?<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Can I compile it with intel compiler?<br>
</blockquote>
<br></div>
It is easy to use gcc, and definitely do *not* use gcc-4.1.2; use 3.4. &nbsp;There are step-by-step instructions on how to install both FFTW and Gromacs on the Gromacs website:<br>
<br>
<a href="http://www.gromacs.org/content/view/23/33/" target="_blank">http://www.gromacs.org/content/view/23/33/</a><br>
<br>
Following these directly will give you the standard installation, in serial and parallel, and single and double precision, if you choose.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="Ih2E3d">
<br>
I&#39;m sorry. I have so many questions.<br>
Please let me know how to compile it.<br>
<br>
Thank you.<br>
<br>
<br></div><div class="Ih2E3d">
On Thu, Sep 4, 2008 at 11:40 AM, Roland Schulz &lt;<a href="mailto:roland@utk.edu" target="_blank">roland@utk.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:roland@utk.edu" target="_blank">roland@utk.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Hi,<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Gromacs has it&#39;s own parallel FFT which only uses FFTW for the local<br>
 &nbsp; &nbsp;FFT. Thus a non-MPI FFTW is fine. and FFTW 3 is faster than 2.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Roland<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;On Thu, Sep 4, 2008 at 8:53 AM, Myunggi Yi &lt;<a href="mailto:myunggi@gmail.com" target="_blank">myunggi@gmail.com</a><br></div><div class="Ih2E3d">
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:myunggi@gmail.com" target="_blank">myunggi@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Dear gmx users,<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;fftw3 seems doesn&#39;t support MPI.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Why is the gromacs configuration default fftw3 not fftw2?<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Which version should I use for parallel computing?<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Thank you.<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;--  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Best wishes,<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Myunggi Yi<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;==================================<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;KLB 419<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Institute of Molecular Biophysics<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Florida State University<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Tallahassee, FL 32306<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Office: (850) 645-1334<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.scs.fsu.edu/%7Emyunggi" target="_blank">http://www.scs.fsu.edu/~myunggi</a> &lt;<a href="http://www.scs.fsu.edu/%7Emyunggi" target="_blank">http://www.scs.fsu.edu/%7Emyunggi</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:myunggi@gmail.com" target="_blank">myunggi@gmail.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:myunggi@gmail.com" target="_blank">myunggi@gmail.com</a>&gt;<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;_______________________________________________<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="Ih2E3d"><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;before posting!<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="Ih2E3d"><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;--  &nbsp; &nbsp;ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov" target="_blank">cmb.ornl.gov</a><br></div>
 &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://cmb.ornl.gov" target="_blank">http://cmb.ornl.gov</a>&gt;<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;_______________________________________________<br>
 &nbsp; &nbsp;gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="Ih2E3d"><br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp;Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
 &nbsp; &nbsp;posting!<br>
 &nbsp; &nbsp;Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
 &nbsp; &nbsp;www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="Ih2E3d"><br>
 &nbsp; &nbsp;Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
Best wishes,<br>
<br>
Myunggi Yi<br>
==================================<br>
KLB 419<br>
Institute of Molecular Biophysics<br>
Florida State University<br>
Tallahassee, FL 32306<br>
<br>
Office: (850) 645-1334<br>
<a href="http://www.scs.fsu.edu/%7Emyunggi" target="_blank">http://www.scs.fsu.edu/~myunggi</a><br>
</div><a href="mailto:myunggi@gmail.com" target="_blank">myunggi@gmail.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:myunggi@gmail.com" target="_blank">myunggi@gmail.com</a>&gt;<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
<br>
------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Best wishes,<br><br>Myunggi Yi<br>==================================<br>KLB 419<br>Institute of Molecular Biophysics<br>Florida State University<br>Tallahassee, FL 32306<br>
<br>Office: (850) 645-1334<br><a href="http://www.scs.fsu.edu/~myunggi">http://www.scs.fsu.edu/~myunggi</a><br><a href="mailto:myunggi@gmail.com">myunggi@gmail.com</a><br>
</div>