First of all I would like to thank Justin, for giving me a clue about

checking the bonds in "chain_C.itp" file. When I removed all those

unexpected bonds, minimization as successful. <br><br><br>To summarize,

I want to minimize a pentamer by imposing distance restraints in one of

the chains. This chain has 14 residues missing and the distance between

the end residues (residue 162 and 163 here) is 12 A (1.2 nm). These are

the steps I followed to run minimization using distance restraints 1. pdb2gmx -ff G43a1 -f chnr.pdb -o chnr1.gro -p chnr1.top -ter -his -ss -asp -glu -water spce &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I didn't use -missing option, as I didn't observe any difference either way 2. Included the following distance restraints in the chain_C.itp file #ifdef DISRES [ distance_restraints ] ;ai&nbsp;&nbsp; aj type index type' low&nbsp;&nbsp; up1&nbsp; up2&nbsp; fac 1703 1712 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.15&nbsp; 1.20 1.25 1.0 #endif 3.

Removed unexpected bonds between the two residues. This is the step

which I skipped and has been giving me an error "Warning: 1-4

interaction between<br>6151 and 6160 is at distance 1.387 which is larger than the 1-4 table size". I end up in a structure with missing bonds.<br><br>Here is part of the chain_c.itp file with changes<br><br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp; File 'chnrc_C.itp' was generated<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp; By user: onbekend (0)<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp; On host: onbekend<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp; At date: Thu Sep&nbsp; 4 10:58:17 2008<br>;<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This is your include topology file<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp; "I Feel a Great Disturbance in the Force" (The Emperor Strikes Back)<br>;<br>[ moleculetype ]<br>; Name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>Protein_C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br><br>[ atoms ]<br>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp; typeB&nbsp;&nbsp;&nbsp; chargeB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; massB<br>&nbsp; 1701&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; 162&nbsp;&nbsp;&nbsp; LEU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; 733&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot -7.28<br>&nbsp; 1702&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 162&nbsp;&nbsp;&nbsp; LEU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 733&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -7<br>&nbsp; 1703&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 162&nbsp;&nbsp;&nbsp; LEU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; 734&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot -7<br>&nbsp; 1704&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 162&nbsp;&nbsp;&nbsp; LEU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; 734&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027&nbsp;&nbsp; ; qtot -7<br>&nbsp; 1705&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 162&nbsp;&nbsp;&nbsp; LEU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp; 735&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot -7<br>&nbsp; 1706&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 162&nbsp;&nbsp;&nbsp; LEU&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 735&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.035&nbsp;&nbsp; ; qtot -7<br>&nbsp; 1707&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 162&nbsp;&nbsp;&nbsp; LEU&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 735&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.035&nbsp;&nbsp; ; qtot -7<br>&nbsp; 1708&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 162&nbsp;&nbsp;&nbsp; LEU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 736&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -6.62<br>&nbsp; 1709&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; 162&nbsp;&nbsp;&nbsp; LEU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; 736&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot -7<br>&nbsp; 1710&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; 163&nbsp;&nbsp;&nbsp; ILE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; 737&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot -7.28<br>&nbsp; 1711&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 163&nbsp;&nbsp;&nbsp; ILE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 737&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -7<br>&nbsp; 1712&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 163&nbsp;&nbsp;&nbsp; ILE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; 738&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot -7<br>&nbsp; 1713&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 163&nbsp;&nbsp;&nbsp; ILE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; 739&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot -7<br>&nbsp; 1714&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 163&nbsp;&nbsp;&nbsp; ILE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 739&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027&nbsp;&nbsp; ; qtot -7<br>&nbsp; 1715&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 163&nbsp;&nbsp;&nbsp; ILE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 739&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.035&nbsp;&nbsp; ; qtot -7<br>&nbsp; 1716&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 163&nbsp;&nbsp;&nbsp; ILE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp; 739&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.035&nbsp;&nbsp; ; qtot -7<br>&nbsp; 1717&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 163&nbsp;&nbsp;&nbsp; ILE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 740&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -6.62<br>&nbsp; 1718&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; 163&nbsp;&nbsp;&nbsp; ILE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; 740&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot -7<br>&nbsp;<br>[ bonds ]<br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3<br>&nbsp;1699&nbsp; 1701&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_9<br>&nbsp;1701&nbsp; 1702&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_2<br>&nbsp;1701&nbsp; 1703&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_20<br>&nbsp;1703&nbsp; 1704&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_26<br>&nbsp;1703&nbsp; 1708&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_26<br>&nbsp;1704&nbsp; 1705&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_26<br>&nbsp;1705&nbsp; 1706&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_26<br>&nbsp;1705&nbsp; 1707&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_26<br>&nbsp;1708&nbsp; 1709&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_4<br>&nbsp;;1708&nbsp; 1710&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_9 <br>&nbsp;1710&nbsp; 1711&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_2<br>&nbsp;1710&nbsp; 1712&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_20<br>&nbsp;1712&nbsp; 1713&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_26<br>&nbsp;1712&nbsp; 1717&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_26<br>&nbsp;1713&nbsp; 1714&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_26<br>&nbsp;1713&nbsp; 1715&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_26<br>&nbsp;1714&nbsp; 1716&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_26<br>&nbsp;1717&nbsp; 1718&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_4<br>&nbsp;1717&nbsp; 1719&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_9<br><br>[ pairs ]<br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3<br>&nbsp;1701&nbsp; 1705&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1701&nbsp; 1709&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;;1701&nbsp; 1710&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1702&nbsp; 1704&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1702&nbsp; 1708&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1703&nbsp; 1706&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1703&nbsp; 1707&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;;1703&nbsp; 1711&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;;1703&nbsp; 1712&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1704&nbsp; 1709&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;;1704&nbsp; 1710&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1705&nbsp; 1708&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;;1708&nbsp; 1713&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;;1708&nbsp; 1717&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;;1709&nbsp; 1711&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;;1709&nbsp; 1712&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1710&nbsp; 1714&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1710&nbsp; 1715&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1710&nbsp; 1718&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1710&nbsp; 1719&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1711&nbsp; 1713&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1711&nbsp; 1717&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1712&nbsp; 1716&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1712&nbsp; 1720&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1712&nbsp; 1721&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1713&nbsp; 1718&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1713&nbsp; 1719&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1714&nbsp; 1717&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1715&nbsp; 1716&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1715&nbsp; 1717&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1717&nbsp; 1722&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1717&nbsp; 1726&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1718&nbsp; 1720&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;1718&nbsp; 1721&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br><br>[ angles ]<br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3<br>&nbsp;1701&nbsp; 1703&nbsp; 1704&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_12<br>&nbsp;1701&nbsp; 1703&nbsp; 1708&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_12<br>&nbsp;1704&nbsp; 1703&nbsp; 1708&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_12<br>&nbsp;1703&nbsp; 1704&nbsp; 1705&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_14<br>&nbsp;1704&nbsp; 1705&nbsp; 1706&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_14<br>&nbsp;1704&nbsp; 1705&nbsp; 1707&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_14<br>&nbsp;1706&nbsp; 1705&nbsp; 1707&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_14<br>&nbsp;1703&nbsp; 1708&nbsp; 1709&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_29<br>&nbsp;;1703&nbsp; 1708&nbsp; 1710&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_18<br>&nbsp;;1709&nbsp; 1708&nbsp; 1710&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_32<br>&nbsp;;1708&nbsp; 1710&nbsp; 1711&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_31<br>&nbsp;;1708&nbsp; 1710&nbsp; 1712&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_30<br>&nbsp;1711&nbsp; 1710&nbsp; 1712&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_17<br>&nbsp;1710&nbsp; 1712&nbsp; 1713&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_12<br>&nbsp;1710&nbsp; 1712&nbsp; 1717&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_12<br>&nbsp;1713&nbsp; 1712&nbsp; 1717&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_12<br>&nbsp;1712&nbsp; 1713&nbsp; 1714&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_14<br>&nbsp;1712&nbsp; 1713&nbsp; 1715&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_14<br>&nbsp;1714&nbsp; 1713&nbsp; 1715&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_14<br>&nbsp;1713&nbsp; 1714&nbsp; 1716&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_14<br>&nbsp;1712&nbsp; 1717&nbsp; 1718&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_29<br>&nbsp;1712&nbsp; 1717&nbsp; 1719&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_18<br>&nbsp;1718&nbsp; 1717&nbsp; 1719&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_32<br><br>[ dihedrals ]<br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c5<br>&nbsp; <br>&nbsp;1694&nbsp; 1699&nbsp; 1701&nbsp; 1703&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_4<br>&nbsp;1699&nbsp; 1701&nbsp; 1703&nbsp; 1708&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_19<br>&nbsp;1701&nbsp; 1703&nbsp; 1704&nbsp; 1705&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_17<br>&nbsp;;1701&nbsp; 1703&nbsp; 1708&nbsp; 1710&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_20<br>&nbsp;1703&nbsp; 1704&nbsp; 1705&nbsp; 1706&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_17<br>&nbsp;;1703&nbsp; 1708&nbsp; 1710&nbsp; 1712&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_4<br>&nbsp;;1708&nbsp; 1710&nbsp; 1712&nbsp; 1717&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_19<br>&nbsp;1710&nbsp; 1712&nbsp; 1713&nbsp; 1714&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_17<br>&nbsp;1710&nbsp; 1712&nbsp; 1717&nbsp; 1719&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_20<br>&nbsp;1712&nbsp; 1713&nbsp; 1714&nbsp; 1716&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_17<br>&nbsp;1712&nbsp; 1717&nbsp; 1719&nbsp; 1721&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_4<br>&nbsp;1717&nbsp; 1719&nbsp; 1721&nbsp; 1726&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_19<br>&nbsp;1719&nbsp; 1721&nbsp; 1722&nbsp; 1723&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_17<br>&nbsp;1719&nbsp; 1721&nbsp; 1726&nbsp; 1728&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_20<br><br>[ dihedrals ]<br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3<br>&nbsp;1701&nbsp; 1699&nbsp; 1703&nbsp; 1702&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_1<br>&nbsp;1703&nbsp; 1701&nbsp; 1708&nbsp; 1704&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_2<br>&nbsp;1704&nbsp; 1706&nbsp; 1707&nbsp; 1705&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_2<br>&nbsp;;1708&nbsp; 1703&nbsp; 1710&nbsp; 1709&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_1<br>&nbsp;;1710&nbsp; 1708&nbsp; 1712&nbsp; 1711&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_1<br>&nbsp;1712&nbsp; 1710&nbsp; 1717&nbsp; 1713&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_2<br>&nbsp;1712&nbsp; 1715&nbsp; 1714&nbsp; 1713&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_2<br>&nbsp;1717&nbsp; 1712&nbsp; 1719&nbsp; 1718&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_1<br>&nbsp;1719&nbsp; 1717&nbsp; 1721&nbsp; 1720&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_1<br><br>#ifdef DISRES<br>[ distance_restraints ]<br>;ai&nbsp;&nbsp; aj type index type' low&nbsp;&nbsp; up1&nbsp; up2&nbsp; fac<br>1703 1712 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.15&nbsp; 1.20 1.25 1.0<br>#endif<br><br><br>4. Included "define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DDISRES" in the .mdp file for minimisation<br><br>&nbsp;&nbsp; Once again, I appreciate Justin for giving me helpful hints in sorting out where I was going wrong.<br><br>Thanks &amp; regards,<br>Latha.<br><br>&gt;

So you have an incomplete protein backbone, with some odd&nbsp; numbering.&nbsp;

What command did you give pdb2gmx to generate this topology?&nbsp; Did you

use the -missing flag?&nbsp; If so, the topology may be badly broken and&nbsp;

unexpected bonds defined.&nbsp; Look closely at your [ bonds ] section in&nbsp;

"chain_C.itp" in case you have some bonds that you are not expecting!<br><br>I

checked the .itp file and I found some unexpected bonding between the

two residues. When, I removed all those bonds, it worked.  &gt; Date: Wed, 03 Sep 2008 20:33:58 -0400 &gt; From: "Justin A. Lemkul" &lt;jalemkul@vt.edu&gt; &gt; Subject: Re: [gmx-users] Re: Bonds break while Minimising using &gt;         distance        restraints &gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; &gt; Message-ID: &lt;48BF2CF6.6070207@vt.edu&gt; &gt; Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed &gt;  &gt;  &gt;  &gt; plmallip@mail.uh.edu wrote: &gt;  &gt; &gt; My protein has 5 chains. 1703 &amp; 1712 are the numbers from  &gt; chainC.itp  &gt; &gt; file. This includes the distance restraints - &gt; &gt;  &gt; &gt; #ifdef DDISRES &gt; &gt; [ distance_restraints ] &gt; &gt; ;ai&nbsp;&nbsp; aj type index type' low&nbsp;&nbsp; up1&nbsp;  &gt; up2&nbsp; fac &gt; &gt; 1703 1712 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  &gt; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.15&nbsp; 1.20 1.25 1.0 &gt; &gt; #endif &gt; &gt;  &gt; &gt; 6151 &amp; 6160 atoms are the numbers from .gro file reported by  &gt; the .job  &gt; &gt; file. 6151 is N of residue 584 and 1703 is CA of the same  &gt; redsidue.  &gt; &gt; Residue 584 &amp; 585 are placed have 14 residues missing between  &gt; them. 6160  &gt; &gt; is N of residue 585 &amp;&nbsp; 1712 is the corresponding CA. &gt;  &gt; So you have an incomplete protein backbone, with some odd  &gt; numbering.&nbsp; What  &gt; command did you give pdb2gmx to generate this topology?&nbsp;  &gt; Did you use the  &gt; -missing flag?&nbsp; If so, the topology may be badly broken and  &gt; unexpected bonds  &gt; defined.&nbsp; Look closely at your [ bonds ] section in  &gt; "chain_C.itp" in case you  &gt; have some bonds that you are not expecting! &gt;  &gt; Do you have complete residues for each of those that contain  &gt; atoms 6151, 6160,  &gt; 1703 and 1712?&nbsp; The non-sequential numbering (with 4000- &gt; atom separation!) does  &gt; not indicate that these atoms should be in the same residues. &gt;  &gt; Is your structure one that is available in the PDB?&nbsp;  &gt; Perhaps it would be much  &gt; easier to diagnose this if I could see the structure.&nbsp; I'd  &gt; be willing to have a  &gt; look at your structure file, if you'd like to send it to me  &gt; privately.&nbsp; I'm  &gt; somewhat intrigued as to what the problem is :) &gt;  &gt; I would be willing to bet that there is something within that  &gt; chain topology  &gt; that is causing mdrun to find a 1-4 interaction between atoms  &gt; 6151 and 6160. &gt;  &gt; -Justin &gt;  &gt; &gt;  &gt; &gt;  &gt; &gt; Thanks &amp; regards, &gt; &gt; Latha.