<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoListParagraph, li.MsoListParagraph, div.MsoListParagraph
        {mso-style-priority:34;
        margin-top:0cm;
        margin-right:0cm;
        margin-bottom:0cm;
        margin-left:36.0pt;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page Section1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.Section1
        {page:Section1;}
 /* List Definitions */
 @list l0
        {mso-list-id:1492524070;
        mso-list-type:hybrid;
        mso-list-template-ids:1449059868 69009425 69009433 69009435 69009423 69009433 69009435 69009423 69009433 69009435;}
@list l0:level1
        {mso-level-text:"%1\)";
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-18.0pt;}
ol
        {margin-bottom:0cm;}
ul
        {margin-bottom:0cm;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body lang=SV link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal>Hi all<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>I apologize if these are boring basic
questions but I would really like to get help with them!<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoListParagraph style='text-indent:-18.0pt;mso-list:l0 level1 lfo1'><![if !supportLists]><span
lang=EN-US><span style='mso-list:Ignore'>1)<span style='font:7.0pt "Times New Roman"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span></span></span><![endif]><span lang=EN-US>I´m doing NPT MD simulations of
protein in water and got somewhat confused when using tpbconv to restart after
the first run. The run is 6million timesteps and nstenergy is set to 250 which I
guess should give me 24000 energy outputs to the .edr file. However, my edr
file contains 24098 outputs, with an extra output roughly every 58000
timesteps. Why? The log file and trajectory contains the number of outputs I´ve
specified and the run did not crash or anything.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoListParagraph><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoListParagraph style='text-indent:-18.0pt;mso-list:l0 level1 lfo1'><![if !supportLists]><span
lang=EN-US><span style='mso-list:Ignore'>2)<span style='font:7.0pt "Times New Roman"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span></span></span><![endif]><span lang=EN-US>When restarting with tpbconv I
submit the energyfile on the  commandline as well as the .trr file. Tpbconv seems
to take the last coordinates and velocities from the .trr but not the last
frame from the .edr file. This seems to happen also for .edr without the &#8220;extra
frames&#8221; described above. I have to manually remove all but the last frame
from the .edr to have tpbconv select the energy data from the same time as the
coordinates. Why?<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoListParagraph><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoListParagraph style='text-indent:-18.0pt;mso-list:l0 level1 lfo1'><![if !supportLists]><span
lang=EN-US><span style='mso-list:Ignore'>3)<span style='font:7.0pt "Times New Roman"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span></span></span><![endif]><span lang=EN-US>I run Nose-Hoover temperature
coupling on the protein and solvent in separate tc_groups, with a ref_t of 350K
and tau_t of 0.5. Looking at the protein temperature, it fluctuates from 325K
to 375K which to me sounds like a lot, even though the protein is rather small &#8211;
100residues. The water fluctuates roughly 15K . I do get the warning of less
than 10% of the atoms (system size 23000atoms) during grompping. Would it be
better to have only one tc_group?<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoListParagraph><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Regards<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>/Matteus<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>Matteus
Lindgren <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>Graduate
student <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>Department
of Chemistry<br>
Umeå University<br>
SE-901 87 Umeå, Sweden<br>
Tel: +46 (0)90 786 53 68<br>
e-mail: <a href="mailto:barbara.addario@chem.umu.se"><span style='color:blue'>matteus.lindgren@chem.umu.se</span></a></span><span
lang=EN-US><o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

</div>

</body>

</html>