<div dir="ltr"><tt>Hello there,<br>
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I would like to do a MD of a protein-protein complex (both with their
ligands) so I&#39;m looking for some advise regarding the best force field
for simulate my system. For more details, it consists on a
ADP-ribosylase (which ligand is the NAD) and a small G protein (GDP
binded), we want to see what is the role of a loop in the formation of
the complex and on the ADP-ribosilation of the small G protein.<br>
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Does any one have a good idea of an appropiate force field for this
kind of systems ? Do you think gromos 43A1 or ffgmx could be an option?<br>
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Thanks a lot in advance!<br>
Paula<br>
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-- !!!!! NEW email  !!!!!!<br>
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<a href="mailto:paula.grg@univ-paris-diderot.fr" target="_blank">paula.grg@univ-paris-diderot.fr</a><br>
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******* NEW ADDRESS ******<br>
Paula GONZALEZ-RUBIO<br>
PhD Candidate<br>
DSIMB INTS, INSERM UMR-S726<br>
6 rue Alexandre Cabanel 75015 Paris<br>
Tel : +33(1) 44 49 30 00 Fax : +33(1) 47 34 74 31<br>
4th Floor. Room 401 Bis<br>
Web Site: <a href="https://paris7.jussieu.fr/Redirect/www.dsimb.inserm.fr/" target="_blank">http://www.dsimb.inserm.fr/</a></tt><br clear="all"><br><br>
</div>