<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><br>Hi,<br>RMSD is your just deviation of backbone from native stare while RMS fluctuation shows the <br>per atom deviation throughout simulation.<br><br><br>regards,<br><div><br><span style="color: rgb(56, 83, 118); font-family: comic sans ms;">Ravi Datta Sharma</span></div>  <div><span style="color: rgb(56, 83, 118); font-family: comic sans ms;">Lecturer,</span></div>  <div><span style="color: rgb(56, 83, 118); font-family: comic sans ms;">Bioinformatics,</span><br style="color: rgb(56, 83, 118); font-family: comic sans ms;"><span style="color: rgb(56, 83, 118); font-family: comic sans ms;">Department of Microbiology,<br>CCS Unversity,<br>Meerut</span><span style="color: rgb(56, 83, 118); font-family: comic sans
 ms;"><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br></span></div><br><br>--- On <b>Sat, 6/9/08, Alessandro.Maiorana@roma2.infn.it <i>&lt;Alessandro.Maiorana@roma2.infn.it&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;">From: Alessandro.Maiorana@roma2.infn.it &lt;Alessandro.Maiorana@roma2.infn.it&gt;<br>Subject: [gmx-users] g_energy<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Date: Saturday, 6 September, 2008, 2:41 PM<br><br><pre>Hi,<br><br>how does it count the drift in g_energy? What is the equation? What is the<br>difference among fluct. and RMSD? Thanks, see you
 soon.<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br></pre></blockquote></td></tr></table><br>



      <!--2--><hr size=1></hr> Unlimited freedom, unlimited storage. <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_mail_2/*http://help.yahoo.com/l/in/yahoo/mail/yahoomail/tools/tools-08.html/">Get it now</a>