<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html><head><title></title>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<meta http-equiv="Content-Style-Type" content="text/css">
<style type="text/css"><!--
body {
  margin: 5px 5px 5px 5px;
  background-color: #ffffff;
}
/* ========== Text Styles ========== */
hr { color: #000000}
body, table /* Normal text */
{
 font-size: 9pt;
 font-family: 'Courier New';
 font-style: normal;
 font-weight: normal;
 color: #000000;
 text-decoration: none;
}
span.rvts1 /* Heading */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 font-weight: bold;
 color: #0000ff;
}
span.rvts2 /* Subheading */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 font-weight: bold;
 color: #000080;
}
span.rvts3 /* Keywords */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 font-style: italic;
 color: #800000;
}
a.rvts4, span.rvts4 /* Jump 1 */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 color: #008000;
 text-decoration: underline;
}
a.rvts5, span.rvts5 /* Jump 2 */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 color: #008000;
 text-decoration: underline;
}
span.rvts6
{
 font-size: 11pt;
 font-family: 'tahoma';
 font-weight: bold;
 color: #ffffff;
 background-color: #0000ff;
}
span.rvts7
{
 font-size: 11pt;
 font-family: 'tahoma';
}
a.rvts8, span.rvts8
{
 font-size: 11pt;
 font-family: 'tahoma';
 color: #0000ff;
 text-decoration: underline;
}
span.rvts9
{
 font-size: 8pt;
 font-family: 'arial';
 font-style: italic;
 color: #c0c0c0;
}
a.rvts10, span.rvts10
{
 font-size: 8pt;
 font-family: 'arial';
 color: #0000ff;
 text-decoration: underline;
}
/* ========== Para Styles ========== */
p,ul,ol /* Paragraph Style */
{
 text-align: left;
 text-indent: 0px;
 padding: 0px 0px 0px 0px;
 margin: 0px 0px 0px 0px;
}
.rvps1 /* Centered */
{
 text-align: center;
}
--></style>
</head>
<body>

<p><br></p>
<p>AS&gt; The system works now, thanks for finding a simple mistake. &nbsp;Another question I had is if I want to calculate the average velocities of all the atoms over a period of time can I use g_traj to create an average velocity of the atoms, but looking at all_veloc.xvg file the atom number starts at 0 so I don't know where to cross reference it with another file to coordinates of that atom. &nbsp;Is there a function in GROMACS that will give averages of velocities and positions of atoms?</p>
<p>AS&gt;&nbsp;</p>
<p><br></p>
<p>I think you can find the average atom velocity from of temperature of the system. Telling the truth I don't know why you want ones. If you tell the final result you need probably I can be of more use.</p>
<p><br></p>
<p>I don't really remember from what number the atoms numbering starts in the programme you speak about but if it starts from zero this corresponds to the first atom in your conf.gro.</p>
<p><br></p>
<p>AS&gt; Thanks,</p>
<p>AS&gt; Andy</p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts9>--&nbsp;</span></p>
<p><span class=rvts9>Vitaly V. Chaban</span></p>
<p><span class=rvts9>School of Chemistry</span></p>
<p><span class=rvts9>National University of Kharkiv</span></p>
<p><span class=rvts9>Svoboda sq.,4, Kharkiv 61077, Ukraine</span></p>
<p><span class=rvts9>email:&nbsp;</span><a class=rvts10 href="mailto:chaban@univer.kharkov.ua">chaban@univer.kharkov.ua</a></p>
<p><span class=rvts9>skype: vvchaban</span></p>

</body></html>