<div dir="ltr">Hi Everybody,<br><br>I am running MD simulation for getting various conformation of a molecule, that can act as better receptor for docking purpose.<br>While doing so, I got a number of doubts.<br>Firstly what should be the range of time step I can keep in .mdp file (right now I am using .002 ps of time step, Can I increase it further ?)<br>
My second question is for how long I should run my simulation to get various conformation (or what is the time interval that can be taken as in general after which biomolecule can change their conformation ?)<br>How should I pick up various conformation from the mdrun that can make a sense ?<br>
<br>I know the questions are not strictly related to gromacs. my apologies for putting such questions.<br><br>If anybody has insight into these questions, please reply.<br><br><br>With Thanks,<br>Vivek<br></div>