<P>
<BR>
Hi all, <BR>
I have issued the command of g_hbond like this<BR>
g_hbond -f .xtc -s .tpr -n .ndx -num .xvg -hbm.map -a 30<BR>
while finishing of this command, it told 1 H-bond found and run successfully. When I plotted .xvg file by using gnuplot its showed zigzag manner graph(abnormal) and I never got this type of plot.<BR>
for information I am sending .xvg file<BR>
<BR>
@&nbsp; &nbsp; title &quot;Hydrogen Bonds&quot;<BR>
@&nbsp; &nbsp; xaxis&nbsp; label &quot;Time&quot;<BR>
@&nbsp; &nbsp; yaxis&nbsp; label &quot;Number&quot;<BR>
@TYPE xy<BR>
@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85<BR>
@ legend on<BR>
@ legend box on<BR>
@ legend loctype view<BR>
@ legend 0.78, 0.8<BR>
@ legend length 2<BR>
@ s0 legend &quot;Hydrogen bonds&quot;<BR>
@ s1 legend &quot;Pairs within 0.35 nm&quot;<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  7<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  7&nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.6&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  8<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.8&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  7<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  1&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  8<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  8<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.4&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  8<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.6&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  7<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.8&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  1&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  8<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  8<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  2.2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  8<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  2.4&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  7<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  2.6&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  1&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  6<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  2.8&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  9<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  8<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  3.2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  8<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  3.4&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  6<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  3.6&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  7<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  3.8&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  7<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  4&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  8<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  4.2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  6<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  <BR>
&nbsp; &nbsp;  This 1 digit appearing often in 2 column till final time.<BR>
<BR>
Could suggest me how to get proper Hydrogen bond plot.<BR>
Thanks in advance.<BR>
&nbsp;  
</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/2206641_2199021/2201649/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2206641_2199021/creative_2201649.gif'  alt='Rediff Shopping'  border=0></a></td></TR></Table>