<P>
&nbsp; <BR>
Hi everybody,<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I want to know is there any way to extract the coordinates of both the protein and <BR>
counterions from the trajectory while writing the &quot;pdb&quot; file ie. I don't want the water molecules <BR>
but only the protein and the counter ions. <BR>
 I did not see that option wile trying to generate the pdb files.<BR>
<BR>
Is there any way of doing this?<BR>
<BR>
Thanks in advance<BR>
<BR>
Sarbani
</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-default.htm/1050715198@Middle5/2401775_2394076/2397136/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2401775_2394076/creative_2397136.gif'  alt='Ebay'  border=0></a></td></TR></Table>