<P>
&nbsp; Hi everybody,<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I want to place my counterions close to the charged amino acids. I am aware of <BR>
the fact that even if the counterions are randomly added yet they will eventually settle during <BR>
equlibration. But still I will like to start with a structure that has counterions close to charged <BR>
residues. <BR>
I have been going through the archive and the manual but I could not figure out how to <BR>
disable the default option of &quot;-random&quot; while using the &quot;genion&quot; command.<BR>
<BR>
Can anyone guide me through the command that is required to add counterions based on <BR>
potential so that the counterions are closed to the charged residues?<BR>
<BR>
Thanks&nbsp; in advance<BR>
Sarbani <BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-default.htm/1050715198@Middle5/2401775_2394076/2397136/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2401775_2394076/creative_2397136.gif'  alt='Ebay'  border=0></a></td></TR></Table>