<div dir="ltr">Dear users,<br><br>I am trying to obtain the rotational correlation times using gromacs tools. Though there are a couple of methods suggested by Xavier and others, I am trying to test it completely with gromacs tools.<br>
<br>The basic idea is as suggested in the following article (also the article is suggested by David van der Spoel)<br><br>What NMR relaxation Can Tell Us about the Internal Motion of an RNA Hairpin: A <span style="border-bottom: medium none; background: transparent none repeat scroll 0% 0%; -moz-background-clip: -moz-initial; -moz-background-origin: -moz-initial; -moz-background-inline-policy: -moz-initial; cursor: pointer;" class="yshortcuts" id="lw_1221250274_0">Molecular Dynamics Simulation Study</span>&quot;,
J. Chem. Theory Comput, 2006, 2, 1228.<br><br>The way I understood is the following:<br><br>1. The <span style="border-bottom: 1px dashed rgb(0, 102, 204); background: transparent none repeat scroll 0% 0%; -moz-background-clip: -moz-initial; -moz-background-origin: -moz-initial; -moz-background-inline-policy: -moz-initial; cursor: pointer;" class="yshortcuts" id="lw_1221250274_1">correlation functions</span>
we calculate from the MD simulations they are total <span class="yshortcuts" id="lw_1221251223_2">correlation
functions</span> (i.e., they contain both overall tumbling and internal
correaltions). So we have to separate them i.e., <br><br>C(t) = C0(t) * CI(t)<br><br>In the above mentioned article, they obtaind the internal correlation functions from the
MD trajectories, by translating and rotating the each conformation onto
a reference structure (i.e., if I understand correctly, they have
created a translational and rotational free trajectory here) and then they have used this trajecotry to obtain the internal correaltion
functions and eventually used these functions to obtain the internal
correlation times by fitting it to different models like Lipari-Szabo
etc.<br><br>I
did removed the rotational and translational motions from my trajectory
and created a rotational and translational free trajectory by the following:<br><br>trjconv -fit rot+trans<br><br>Then used g_rotacf to obtain the correlation funcitons of internal motions (N-H bond vectors).<br><br> These correlation functions
were tried to fit to S^2+(1-S^2)*exp(-t/t1) to obtain the S^2 order
parameters and the correlation time (t1). But the order parameters I am
getting are too small. <br><br>Then they mentioned that the rotational <span style="border-bottom: 1px dashed rgb(0, 102, 204); cursor: pointer;" class="yshortcuts" id="lw_1221250274_3">correlation function</span> is obtained from the above relation. Is it a straightforward, algebraic division ? I am not sure about it.<br>
<br>I
tried to get them by a simple numerical division but the rotational
correlation functions I obtained are not exponentially decaying
functions rather they linearly increase with time. I am not sure where
I am making mistake.<br><br>Also, How accurate the generated rotational and transational free trajectory is ? Since my S^2 order parameters are not comparable to experimental values, i cannot judge based on them.<br><br>
I also tried to fit the total correlation function C(t) with&nbsp;&nbsp; exp(-t/to)*(S^2+(1-S^2)*exp(-t/te)) . surprisingly the &quot;to&quot; (overall rotational time), S^2 and &quot;te&quot; (internal correlation times) are comparable to experimental values, the fit also very gud though its not an accurate method to do it.<br>
<br>I am sorry for quite lengthy email. But surely it will be helpful to others also. I can be more explicit if some one interested to know.<br><br>Thanks in
 advance,<br>Ram.</div>