<div dir="ltr">grompp -c .trr -e .edr should do it<br><br><div class="gmail_quote">2008/9/15 DimitryASuplatov <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:genesup@gmail.com">genesup@gmail.com</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Thank you for your answer.<br>
I think that it would be better if I simply rephrase my question -<br>
I have an gro/top/itc stuff for the initial structure, tpr gerenated for<br>
8 nodes and trr/xtc run for 10ns. How could I extend this run for<br>
another 5 ns but this time to run on 4 nodes.<br>
Thank you.<br>
SDA<br>
<div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>
<br>
&gt;<br>
&gt; DimitryASuplatov wrote:<br>
&gt; &gt; Hello,<br>
&gt; &gt; I have completed a 10ns run. Now I want to extend it to 20ns. The<br>
&gt; &gt; problem is that the initial tpr was compiled for 8 processors and now<br>
&gt; &gt; I have only 4 cores.<br>
&gt; &gt; What I tried to do is used tpbconv to make a 10ns extended tpr, then<br>
&gt; &gt; used an exactly the same mdp file to grompp it all together with -np 4<br>
&gt; &gt; to a new tpr file.<br>
&gt;<br>
&gt; What do you mean &quot;grompp it all together?&quot; &nbsp;It sounds like you are trying to use<br>
&gt; both tpbconv and grompp for some reason. &nbsp;The only way to change the number of<br>
&gt; processors is to use grompp, not tpbconv, providing it your .trr and .edr files<br>
&gt; with the -t and -e flags.<br>
&gt;<br>
&gt; &gt; The problem is that at the beginning of the trajectory the structure<br>
&gt; &gt; is undergoing a structural change with 0.12 nm from the initial<br>
&gt; &gt; structure. That means that the structure is actually relaxed and that<br>
&gt; &gt; is not something I want to see.<br>
&gt;<br>
&gt; How do you know this is not the normal behavior?<br>
&gt;<br>
&gt; -Justin<br>
&gt;<br>
&gt; &gt; I have used this in my mdp<br>
&gt; &gt; ;------------ VELOCITY INITIATION -----------------------<br>
&gt; &gt; gen-vel &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no<br>
&gt; &gt; gen-temp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 300<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; That means that no velocities were generated and I expect to see no<br>
&gt; &gt; relaxation but the continuation of my run.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; What am I doing wrong? How to extend a run without relaxation.<br>
&gt; &gt; Thank you. I appreciate any help.<br>
&gt; &gt; SDA<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; My mdp file is the following.<br>
&gt; &gt; ;-------------PREPROCESSING OPTIONS------------<br>
&gt; &gt; title &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = PR &quot;1KLC FREE&quot;; my title<br>
&gt; &gt; cpp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;cpp; my C prepocessor (whereIsIt)<br>
&gt; &gt; include &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = ; dir to include in my topology file<br>
&gt; &gt; define &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= ;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;-------------RUN CONTROL---------------------<br>
&gt; &gt; integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= md;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;--------------OUTPUT CONTROL------------------<br>
&gt; &gt; ;TRR outpur<br>
&gt; &gt; nstxout &nbsp; &nbsp;= 10000<br>
&gt; &gt; nstvout &nbsp; &nbsp;= 10000<br>
&gt; &gt; nstfout &nbsp; &nbsp;= 0<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;LOG and EDR output<br>
&gt; &gt; nstlog &nbsp; &nbsp; = 10000<br>
&gt; &gt; nstenergy &nbsp;= 10000<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;XTC output<br>
&gt; &gt; nstxtcout &nbsp;= 1000<br>
&gt; &gt; xtc-precision &nbsp; = &nbsp;1000<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;-------------START TIME &amp; TIMESTEP-----------<br>
&gt; &gt; tinit &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp; &nbsp;; [ps] starting time for your run (only makes<br>
&gt; &gt; sense for md, sd, bd integator)<br>
&gt; &gt; dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp; 0.005 ; [ps] time step for integration (--&quot;--)<br>
&gt; &gt; nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp; 1600000 ; (0) maximum number of steps to integrate<br>
&gt; &gt; comm-mode &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; Linear(Remove center of mass<br>
&gt; &gt; translation)/Annular(Remove center of mass<br>
&gt; &gt; ;translation and rotation)/No(no restriction)<br>
&gt; &gt; nstcomm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;-------------NEIGHBOR SEACHING---------------<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 5; frequency o update<br>
&gt; &gt; neighbor list<br>
&gt; &gt; ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = grid; make a gid in<br>
&gt; &gt; the box and check only<br>
&gt; &gt; ;neighboring grid cell when constructing a new neighbor list<br>
&gt; &gt; rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.0; cut-off distance<br>
&gt; &gt; for the short-range neighbor list<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;-------------ELECTROSTATICS------------------<br>
&gt; &gt; coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Reaction-field &nbsp;; reaction field with<br>
&gt; &gt; coulomb cut-off rcoulomb<br>
&gt; &gt; ; where rcoulomb&gt;rlist. The dielectric constant beyond the cut-off is epsilon_r<br>
&gt; &gt; rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1.5 ;distance for the<br>
&gt; &gt; coulomb cut-off<br>
&gt; &gt; epsilon_rf &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 80;dielectric constant<br>
&gt; &gt; epsilon_r &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; vdwtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = cut-off; twin-range<br>
&gt; &gt; cut-off`s with neighbor list cut-off rlist<br>
&gt; &gt; ;and VdW cut-off rvdw, where rvdw&gt;rlist<br>
&gt; &gt; rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1.0 ; distance for for<br>
&gt; &gt; the LJ or Buckingam cut-off<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;-------------ENERGY MINIMIZATION-------------<br>
&gt; &gt; emtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 200 (kJ/mol*nm); minimisation is converged when<br>
&gt; &gt; the maximum force is smaller then this value<br>
&gt; &gt; emstep &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.01; initial step size<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;-------------TEMTERAURE CONTROL--------------<br>
&gt; &gt; tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = berendsen<br>
&gt; &gt; tc-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= System<br>
&gt; &gt; tau-t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.1<br>
&gt; &gt; ref-t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 300<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;--------- PRESSURE CONTROL---------------------<br>
&gt; &gt; Pcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<br>
&gt; &gt; Pcoupltype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Isotropic<br>
&gt; &gt; tau-p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1<br>
&gt; &gt; ref_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1<br>
&gt; &gt; compressibility &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 4.5E-5<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;------------ VELOCITY INITIATION -----------------------<br>
&gt; &gt; gen-vel &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no<br>
&gt; &gt; gen-temp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 300<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;------------- BONDS -----------------------<br>
&gt; &gt; constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= all-bonds<br>
&gt; &gt; constraint-algorithm &nbsp; &nbsp; = Lincs<br>
&gt; &gt; unconstrained-start &nbsp; &nbsp; &nbsp;= yes<br>
&gt; &gt; Shake-SOR &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no<br>
&gt; &gt; shake-tol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.0001<br>
&gt; &gt; lincs-order &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 8<br>
&gt; &gt; lincs-warnangle &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 30<br>
&gt; &gt; lincs-iter &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 8<br>
&gt; &gt; morse &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; sda@leiden:~/klc/MD/free&gt; cat pr_free.extendfrom12to20ns.mdp<br>
&gt; &gt; ;-------------PREPROCESSING OPTIONS------------<br>
&gt; &gt; title &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = PR &quot;1KLC FREE&quot;; my title<br>
&gt; &gt; cpp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;cpp; my C prepocessor (whereIsIt)<br>
&gt; &gt; include &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = ; dir to include in my topology file<br>
&gt; &gt; define &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= ;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;-------------RUN CONTROL---------------------<br>
&gt; &gt; integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= md;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;--------------OUTPUT CONTROL------------------<br>
&gt; &gt; ;TRR outpur<br>
&gt; &gt; nstxout &nbsp; &nbsp;= 10000<br>
&gt; &gt; nstvout &nbsp; &nbsp;= 10000<br>
&gt; &gt; nstfout &nbsp; &nbsp;= 0<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;LOG and EDR output<br>
&gt; &gt; nstlog &nbsp; &nbsp; = 10000<br>
&gt; &gt; nstenergy &nbsp;= 10000<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;XTC output<br>
&gt; &gt; nstxtcout &nbsp;= 1000<br>
&gt; &gt; xtc-precision &nbsp; = &nbsp;1000<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;-------------START TIME &amp; TIMESTEP-----------<br>
&gt; &gt; tinit &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp; &nbsp;; [ps] starting time for your run (only makes<br>
&gt; &gt; sense for md, sd, bd integator)<br>
&gt; &gt; dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp; 0.005 ; [ps] time step for integration (--&quot;--)<br>
&gt; &gt; nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp; 1600000 ; (0) maximum number of steps to integrate<br>
&gt; &gt; comm-mode &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; Linear(Remove center of mass<br>
&gt; &gt; translation)/Annular(Remove center of mass<br>
&gt; &gt; ;translation and rotation)/No(no restriction)<br>
&gt; &gt; nstcomm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;-------------NEIGHBOR SEACHING---------------<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 5; frequency o update<br>
&gt; &gt; neighbor list<br>
&gt; &gt; ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = grid; make a gid in<br>
&gt; &gt; the box and check only<br>
&gt; &gt; ;neighboring grid cell when constructing a new neighbor list<br>
&gt; &gt; rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.0; cut-off distance<br>
&gt; &gt; for the short-range neighbor list<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;-------------ELECTROSTATICS------------------<br>
&gt; &gt; coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Reaction-field &nbsp;; reaction field with<br>
&gt; &gt; coulomb cut-off rcoulomb<br>
&gt; &gt; ; where rcoulomb&gt;rlist. The dielectric constant beyond the cut-off is epsilon_r<br>
&gt; &gt; rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1.5 ;distance for the<br>
&gt; &gt; coulomb cut-off<br>
&gt; &gt; epsilon_rf &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 80;dielectric constant<br>
&gt; &gt; epsilon_r &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; vdwtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = cut-off; twin-range<br>
&gt; &gt; cut-off`s with neighbor list cut-off rlist<br>
&gt; &gt; ;and VdW cut-off rvdw, where rvdw&gt;rlist<br>
&gt; &gt; rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1.0 ; distance for for<br>
&gt; &gt; the LJ or Buckingam cut-off<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;-------------ENERGY MINIMIZATION-------------<br>
&gt; &gt; emtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 200 (kJ/mol*nm); minimisation is converged when<br>
&gt; &gt; the maximum force is smaller then this value<br>
&gt; &gt; emstep &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.01; initial step size<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;-------------TEMTERAURE CONTROL--------------<br>
&gt; &gt; tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = berendsen<br>
&gt; &gt; tc-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= System<br>
&gt; &gt; tau-t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.1<br>
&gt; &gt; ref-t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 300<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;--------- PRESSURE CONTROL---------------------<br>
&gt; &gt; Pcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<br>
&gt; &gt; Pcoupltype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Isotropic<br>
&gt; &gt; tau-p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1<br>
&gt; &gt; ref_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1<br>
&gt; &gt; compressibility &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 4.5E-5<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;------------ VELOCITY INITIATION -----------------------<br>
&gt; &gt; gen-vel &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no<br>
&gt; &gt; gen-temp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 300<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ;------------- BONDS -----------------------<br>
&gt; &gt; constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= all-bonds<br>
&gt; &gt; constraint-algorithm &nbsp; &nbsp; = Lincs<br>
&gt; &gt; unconstrained-start &nbsp; &nbsp; &nbsp;= yes<br>
&gt; &gt; Shake-SOR &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no<br>
&gt; &gt; shake-tol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.0001<br>
&gt; &gt; lincs-order &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 8<br>
&gt; &gt; lincs-warnangle &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 30<br>
&gt; &gt; lincs-iter &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 8<br>
&gt; &gt; morse &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no<br>
&gt; &gt; _______________________________________________<br>
&gt; &gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt; &gt;<br>
&gt;<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>