<div>Hello,<br><br>Simple question.&nbsp; I am running constraint pulling and
getting the .xtc and .tpr output files in order to create a pdb video using
trjconv.&nbsp; I am running simulations on a cluster, and so a pbs script must
be submitted with the necessary commands.&nbsp; When using trjconv command, the
group must subsequently be specified.&nbsp; Is there any way to modify the
below command to also select a specific group (i.e. - 1 for 'Protein').&nbsp;
For example, when using mdrun, the -ff option can be used to specify which
forcefield to use.&nbsp; Is there something similar to this with regards to the
group selection when using trjconv?&nbsp; Thanks.<br><br>trjconv -s peptide.tpr
-f trajectory.xtc -o
pullvideo.pdb<br>______________________________<br><br>Venkatesh
Hariharan<br>Pennsylvania State University<br>Schreyer Honors
College<br>Undergraduate - Bioengineering<br><br>"You must be the change you
wish to see in the world."<br>--Mohandas Karamchand Gandhi<br><br><br></div>