<div dir="ltr">Hi There,<br>I have a 5 nsec trajectory file for my system...and a RMSD plot for the same.<br>while doing simulation I have sampled the frame at each 500 ps, <br>Now I want to choose conformation on the basis of RMSD values, like conformation which has RMSD difference of some value say A nanometer.<br>
Can anybody suggest me a way to do the same ?<br><br>I heard of g-cluster command for the same, but don&#39;t know how can I use it for given RMSD difference ?<br><br>Can I do it before giving the final run command, so it will sample the conformation during the run on the basis of RMSD value ?<br>
<br><br>With Thanks,<br>Vivek<br></div>