<div dir="ltr">Hi,<br><br>I am trying to calculate the N-H dipole autocorrelation function of my protein using g_dipoles. The mentioned the atom numbers of these two in my index file. I have given the following command:<br>
<br><br><br>g_dipoles -f md_minim_traj.trr -s MD_1BA4.tpr -P 2 -corr mol -c dipo_corr.xvg -b 0000 -e 1000 -n NH.ndx<br><br>The output is the following:<br><br><br>Program g_dipoles, VERSION 3.3.1<br>Source code file: gmx_dipoles.c, line: 1014<br>
<br>Fatal error:<br>index[1]=18 does not correspond to the first atom of a molecule<br><br>Here the atom numbers I have defined in the index file are 18 and 19.<br><br>What is the problem in defining the index file ?<br><br>
Thanks.<br><br><br><br></div>