<div dir="ltr">Hi There,<br><br>Following is the scenario I am trying for MDS<br>I am using vmd to modify the position of my molecule, and then output from vmd is in .pdb format.<br>for .top file I have generated those files from pdb2gmx and edited them manually as suggested in drug-enzyme tutorial by J E Kerrigan.<br>
<br>Now, I am in doubt weather I can use the .pdb from vmd &amp; .top file for running editconf and genbox followed by MDS ?<br><br>With Thanks,<br>Vivek<br></div>