<div dir="ltr">Hello Tsjerk<br><br>I have solved that problem, now while running PDB2GMX command its giving following error<br><br>C7 was not found in rtp file <br>so I just compared the atom type in rtp file for DTHY and corresponding pdb file and replace C7 by C5M.<br>
i used -ignh option also,still I am getting warning like <br>H1 is not found <br clear="all">H3 is not found<br><br>but the program is running its giving error while running GROMPP step.<br>can you please help me in removing this error<br>
with regards<br>-- <br>PRASUN (ASHOKA)<br>
</div>