<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><P>Hello,</P><P></P><P>after searching extensively the mailing lists I wasn' able to solve my problem. This has to do with running gromacs in parallel (more than one nodes) in a rocks cluster. I 'm able to run a simulation both in one or two processors in a dual core node, yet every time I try to use more than one nodes, this error appears :</P><P></P><P>Program mdrun_mpi, VERSION 3.3.2<BR>Source code file: nsgrid.c, line: 226<BR>    <BR>    Range checking error:<BR>    Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid   based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter   errors that give particles very high velocities you might end up with some   coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot   put these on a grid, so this is usually where we detect those errors.   Make sure
 your system is properly energy-minimized and that the potential   energy seems reasonable before trying again.<BR>    <BR>   Variable ci has value 741. It should have been within [ 0 .. 740 ]<BR><BR>There isn't only me who is facing that problem so searching the forums I came accross a patch, that is : [gmx-users] fix for range checking errors in parallel double precision mdrun <BR></P><P></P><P>Compiling gromacs with this version of xtcio.c doesn't seem to solve the problem. Is there anything else I'm missing?</P><P></P><P>I give you my configure options in case this is helpful:</P><P>./configure --prefix=/export/local/gromacs-3.3.2 --program-suffix= --enable-double --disable-float --disable-fortran --with-x --with-fft=fftw3<BR><BR></P><P>My commands to run a simulation are for example in six nodes :</P><P>grompp -f *.mdp -c *.gro -p *.top -np 6</P><P>and in my script the arguments for running are:</P><P>-pe mpi 6</P><P>mpirun -np 6 --hostfile
 $TMPDIR/machines mdrun_mpi</P><P></P><P>Thank you in advance,</P><P>Nikos</P></td></tr></table><br>__________________________________________________<br>Do You Yahoo!?<br>Sie sind Spam leid? Yahoo! Mail verfügt über einen herausragenden Schutz gegen Massenmails. <br>http://mail.yahoo.com