<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
FONT-SIZE: 10pt;
FONT-FAMILY:Tahoma
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'><div style="text-align: left;">Hi,<br><br>Having a non-uniform dielectric permittivity is a non-trivial problem to solve.<br>I would like to have a solver for such electrostatics in Gromacs,<br>but it is a lot of work to implement (and to make it efficient).<br><br>Reaction field does not do anything for you in this respect.<br><br>Berk<br></div><br><br><hr id="EC_stopSpelling">From: nazish@umich.edu<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Date: Fri, 19 Sep 2008 10:31:34 -0400<br>Subject: [gmx-users] implicit solvent<br><br>


<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=unicode">
<meta name="Generator" content="Microsoft SafeHTML">


<style>
.ExternalClass p.EC_MsoNormal, .ExternalClass li.EC_MsoNormal, .ExternalClass div.EC_MsoNormal
{margin-bottom:.0001pt;font-size:11.0pt;font-family:'Calibri','sans-serif';}
.ExternalClass a:link, .ExternalClass span.EC_MsoHyperlink
{color:blue;text-decoration:underline;}
.ExternalClass a:visited, .ExternalClass span.EC_MsoHyperlinkFollowed
{color:purple;text-decoration:underline;}
.ExternalClass span.EC_EmailStyle17
{font-family:'Calibri','sans-serif';color:windowtext;}
.ExternalClass .EC_MsoChpDefault
{;}
@page Section1
{size:8.5in 11.0in;}
.ExternalClass div.EC_Section1
{page:Section1;}

</style>





<div class="EC_Section1">

<p class="EC_MsoNormal">Hi all,</p>

<p class="EC_MsoNormal">&nbsp;</p>

<p class="EC_MsoNormal">I am doing some coarse-grained simulations, where I have
removed the solvent molecules from the system. In order to incorporate the
effect of solvent in my simulations, I need to tune the dielectric constant of
the medium. </p>

<p class="EC_MsoNormal"><br>
Will just changing “epsilon_r” in the mdp file work ? </p>

<p class="EC_MsoNormal">Later on, I want to use two different dielectric constants,
i.e. a near field value and a far field value.</p>

<p class="EC_MsoNormal">Is there an easy way of doing this or do I need to modify
the source code ? </p>

<p class="EC_MsoNormal">I don’t understand the reaction field concept well,
still will something on that line work ?</p>

<p class="EC_MsoNormal">&nbsp;</p>

<p class="EC_MsoNormal">Thanks,&nbsp; Nazish</p>

<p class="EC_MsoNormal">&nbsp;</p>

</div>




<br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>