Hi,<br>
<br>
The gromacs wiki (<a href="http://wiki.gromacs.org">wiki.gromacs.org</a>) also lists a number of tutorials,
written from different perspectives. But it doesn&#39;t have this one yet :p<br>
<br>
<a href="http://nmr.chem.uu.nl/~tsjerk/course/md-tutorial/">http://nmr.chem.uu.nl/~tsjerk/course/md-tutorial/</a><br>
<br>
Any feedback is appreciated :)<br><br>
Cheers,<br>
<br>
Tsjerk<br>
<br><div><span class="gmail_quote">On 18 Sep 2008 10:13:29 -0000, <b class="gmail_sendername">minnale</b> &lt;<a href="mailto:minnale_gnos@rediffmail.com">minnale_gnos@rediffmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<p>
&nbsp; <br>
<br>
<br>
&nbsp;  Hi,<br>
&nbsp; &nbsp; Its good to chose Gromacs for running MDSimulations.
Gromacs procedure cocern many tutorials are available in the net just
type &quot; gromacs tutorials&quot; in google moreover check the gmx-archives
regularly<br>
for finding solutions corresponding queries.<br>
<br>
Good luck.<span class="q"><br>
 <br>
&gt; &gt; I am new to GROMACS and have not tried any calculation using it. I have<br>
&gt; &gt; installed grmx on scientific linux. Can anyone help me find a sample<br>
&gt; &gt; procedure of using GROMACS for molecular dynamics simulation (or even for<br>
&gt; &gt; simple energy calculation)? I am interested in doing research on Molecular<br>
&gt; &gt; Dynamics using GROMACS, but so far, I really dont have an idea where to<br>
&gt; &gt; start. I hope to hear your advise. Thank you very much<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Christopher Ambe<br>
&gt; &gt; MSU-Iligan Institute of Technology<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; _______________________________________________<br>
&gt; &gt; gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt; &gt;<br></span>
&gt;-------------- next part --------------<br>
&gt;An HTML attachment was scrubbed...<br>
&gt;URL: <a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20080918/8fe3ceaf/attachment-0001.html" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20080918/8fe3ceaf/attachment-0001.html</a><br>

&gt;<br>
&gt;------------------------------<span class="q"><br>
&gt;<br>
&gt;_______________________________________________<br>
&gt;gmx-users mailing list<br>
&gt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt;<br></span>
&gt;End of gmx-users Digest, Vol 53, Issue 93<br>
&gt;*****************************************<br>

</p>
<br><br>
<table style="font-family: Verdana; font-size: 11px; line-height: 15px;" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" height="57" width="644"><tbody><tr><td><a href="http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/2627396_2619653/2622811/1?PARTNER=3&amp;OAS_QUERY=null" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)"><img alt="Godrej" border="0"></a></td>
</tr></tbody></table><br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div>
<br><br clear="all"><br>-- <br>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>Junior UD (post-doc)<br>Biomolecular NMR, Bijvoet Center<br>Utrecht University<br>Padualaan 8 <br>3584 CH Utrecht<br>The Netherlands<br>P: +31-30-2539931&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
F: +31-30-2537623