<P>
&nbsp; <BR>
<BR>
Hi Jochen thanks for your reply<BR>
I have gone through this recent mail http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2008-September/036508.html more over if I use genconf command like this<BR>
genconf -f .gro -o out -nbox 2 1 1 -dist 0 0 0 its adding 128 in eachleaflet I dont wany that many popc molecules. <BR>
<BR>
1.Is it wrong if I increase the popc molecules by using genbox?<BR>
2.Is there anyway to increase popc and water numbers by mentioning specific molecules number?<BR>
Could you suggest me<BR>
Thanks in advance.<BR>
<BR>
On Fri, 19 Sep 2008 Jochen Hub wrote :<BR>
&gt;minnale wrote:<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; Hi all,<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &nbsp; I have extended popc bilayer(intial popc.pdb from Dr.Tielmen site) by using genbox command, I issued<BR>
&gt; &gt; genbox -cs popc128a.gro -o out.gro -box 9.2 9.2 6.9 it ran successfully with increase of popc and water molecules.<BR>
&gt; &gt;&nbsp; Now I want to visualise this out file in VMD in a way that in eachleaflet how many popc molecules and water residues are there, May be this is trivial query.<BR>
&gt; &gt; Could you give me suggestion.<BR>
&gt;<BR>
&gt;If you want to enlarge a membrane patch, use genconf. Not genbox!<BR>
&gt;<BR>
&gt;jochen<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; _______________________________________________<BR>
&gt; &gt; gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>
&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>
&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>
&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>
&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;--<BR>
&gt;************************************************<BR>
&gt;Dr. Jochen Hub<BR>
&gt;Max Planck Institute for Biophysical Chemistry<BR>
&gt;Computational biomolecular dynamics group<BR>
&gt;Am Fassberg 11<BR>
&gt;D-37077 Goettingen, Germany<BR>
&gt;Email: jhub[at]gwdg.de<BR>
&gt;Tel.: +49 (0)551 201-2312<BR>
&gt;************************************************<BR>

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