<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">
<META content="MSHTML 6.00.2900.3354" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY bgColor=#e7e7e7><FONT face=宋体>
<DIV>
<TABLE height="100%" cellSpacing=0 cellPadding=0 width="90%" border=0>
  <TBODY>
  <TR>
    <TD vAlign=top align=left>
      <DIV>
      <DIV>
      <TABLE height="96%" cellSpacing=0 cellPadding=0 width="96%" border=0>
        <TBODY>
        <TR>
          <TD vAlign=top align=left height=30><FONT face=宋体>
            <TABLE style="WIDTH: 458px; HEIGHT: 389px" height="100%" 
            cellSpacing=0 cellPadding=0 width="90%" border=0>
              <TBODY>
              <TR>
                <TD vAlign=top align=left>
                  <DIV><FONT size=2><FONT face=宋体>Hi all:</FONT></FONT></DIV>
                  <DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
                  <DIV>I run mdrun of gromacs-3.3.3 6 times of a small 
                  simulation, <BR>but I cann't get the same result every time. I 
                  run the mdrun <BR>program using "./mdrun -v -s md1.tpr&nbsp; 
                  -o md1.trr&nbsp; -c after_md1.gro&nbsp; -g md1.log&nbsp; -e 
                  md1.edr&nbsp; -x md1.xtc &gt; md1.job 
                  <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&amp;&amp; ./mdrun -v -s md1.tpr&nbsp; 
                  -o md1.trr&nbsp; -c after_md1.gro&nbsp; -g md1.log&nbsp; -e 
                  md1.edr&nbsp; -x md1.xtc &gt; md1.job 
                  <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&amp;&amp; ./mdrun -v -s md1.tpr&nbsp; 
                  -o md1.trr&nbsp; -c after_md1.gro&nbsp; -g md1.log&nbsp; -e 
                  md1.edr&nbsp; -x md1.xtc &gt; md1.job". <BR>Three simulations 
                  one time. And run two times. The 6 log files are in the 
                  accessory.<BR>Can someone tell me why cann't I get the same 
                  result of the 6 simulations?<BR>Appreciate any help in 
                  advance!</DIV>
                  <DIV><FONT face=宋体 size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
                  <DIV><FONT face=宋体 size=2>Best wishes!</FONT></DIV>
                  <DIV>&nbsp;</DIV>
                  <DIV>
                  <DIV><FONT face=宋体>
                  <DIV><FONT size=2><FONT face=宋体>Ji Xu</FONT></FONT></DIV>
                  <DIV><FONT size=2><FONT face=宋体><A 
                  href="mailto:xuji@home.ipe.ac.cn">xuji@home.ipe.ac.cn</A></FONT></FONT></DIV>
                  <DIV><FONT face=宋体><BR><FONT 
                  size=2>2008-09-22</FONT></FONT></DIV><FONT 
                  size=2>              </FONT></FONT></DIV></DIV></TD></TR></TBODY></TABLE></FONT></TD>
          <TD vAlign=top align=left 
      width=100><BR><BR><BR></TD></TR></TBODY></TABLE></DIV></DIV></TD></TR></TBODY></TABLE></DIV></FONT></BODY></HTML>