<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><P>Dear Sir or Madam,</P><P></P><P>maybe it sounds a trivial question, yet how I define the phi and psi dihedrals in my topology. I have the section [ dihedrals ] in my topology, yet whenever I try to calculate them via g_chi I get that error :</P><P>Fatal error:<BR>No dihedrals in your structure!</P><P>and the g_rama command gives no output. </P><P></P><P>In this post : http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2005-October/017645.html</P><P>is sais to use a pdb file and write down the numbers of the dihedrals. Yet, this is not the same with what we do in the topology file when we declare the dihedrals? I have used p pdb file as input in the aforementioned command with no luck.<BR></P><P></P><P>The system I have is a polymer one and I do not use any gromacs forcefield. Still, can I use the commands g_chi and g_rama?</P><P></P><P>Yours
 Sincerely,</P><P>NIkos<BR><BR><BR><BR></P></td></tr></table><br>__________________________________________________<br>Do You Yahoo!?<br>Sie sind Spam leid? Yahoo! Mail verfügt über einen herausragenden Schutz gegen Massenmails. <br>http://mail.yahoo.com