<div dir="ltr">Hello there...<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I carried out simulations of mixture of cationic surfactants, fatty alcohols and water with various ratios of surfactant/alcohol.&nbsp; Usually for a system of 100 surfactants +100 co-surfactants + 4000 water molecules, it took 3 x 600 ps to see the micelles and other structures&nbsp; forming from random configurations. <br>
<br>Arun<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Sep 23, 2008 at 10:46 AM, David van der Spoel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="Ih2E3d">Chih-Ying Lin wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi<br>
I heard that it takes very long to see a micelle forming.<br>
How long should be the simulation time to see the micelle forming?<br>
How many nanoseconds to put on the simulation?<br>
<br>
<br>
Is there any particular difference to simulate the micelles than other system?<br>
My simulation steps are<br>
1. prepare the topology files and coordinate files for the water and the solute<br>
2. do the minimisation<br>
3. generate the simulation box<br>
4. put water and solute together<br>
5. run MD with longer simulation time<br>
</blockquote>
<br></div>
@Article{ Marrink2000a,<br>
 &nbsp;author = &nbsp; &nbsp; &nbsp; &quot;S. J. Marrink and D. P. Tieleman and A. E. Mark&quot;,<br>
 &nbsp;title = &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&quot;Molecular dynamics simulation of the kinetics of<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;spontaneous micelle formation&quot;,<br>
 &nbsp;journal = &nbsp; &nbsp; &nbsp;&quot;J Phys Chem B&quot;,<br>
 &nbsp;year = &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2000,<br>
 &nbsp;volume = &nbsp; &nbsp; &nbsp; 104,<br>
 &nbsp;pages = &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&quot;12165-12173&quot;<div class="Ih2E3d"><br>
}<br>
<br>
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
Thank you<br>
Lin<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote>
<br>
<br></div>
-- <br>
David.<br>
________________________________________________________________________<br><font color="#888888">
David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>
Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>
Husargatan 3, Box 596, &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>
phone: &nbsp;46 18 471 4205 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;fax: 46 18 511 755<br>
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org" target="_blank">spoel@gromacs.org</a> &nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++</font><div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Arun Kumar<br>
</div>