<div dir="ltr">Jochen,<br><br>I am confused on how to calculate the bond length constraints.&nbsp; I notice after I run grompp it gives the output of degrees of freedom:<br><br>Number of degrees of freedom in T-Coupling group TOP is 59.97<br>
Number of degrees of freedom in T-Coupling group BOTTOM is 59.97<br>Number of degrees of freedom in T-Coupling group NIT is 9355.37<br>Number of degrees of freedom in T-Coupling group OXY is 2638.69<br>Number of degrees of freedom in T-Coupling group UNK is 5874.00<br>
<br>In the TOP and BOTTOM group I have 20 atoms. 3120 atoms in NIT, 880 atoms in OXY and 1960 atoms in UNK. I not sure how these numbers were calculated. If I add up all the degrees of freedom then it is 3N-12. I know  N_com =3 because the center of mass velocities of constant of motion, so does LINCS account for the other 9?<br>
<br>Thanks,<br>Andy<br></div>