<div dir="ltr">Hmmm...<div dir="ltr"><p>I don&#39;t have any .pdb file, what can I look for then?<br></p><p>Best regards,&nbsp;</p><p>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Tiago Marques</p><div><div class="Wj3C7c"><br><div class="gmail_quote">
On Tue, Sep 23, 2008 at 5:48 PM, Jochen Hub <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jhub@gwdg.de" target="_blank">jhub@gwdg.de</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div>Tiago Marques wrote:<br>
&gt; I don&#39;t know how large the system is. I&#39;m the cluster&#39;s system administrator<br>
&gt; and don&#39;t understand much of what&#39;s going on. The test was given to me by a<br>
&gt; person who works with it. I can ask him or look at it, if you can point me<br>
&gt; how to do it.<br>
<br>
</div>Hi,<br>
<br>
you can count the nr of atoms in the structure:<br>
<br>
grep -c ATOM protein.pdb<br>
<font color="#888888"><br>
Jochen<br>
</font><div><div><br>
&gt;<br>
&gt; Thanks, I will look at some of his posts.<br>
&gt;<br>
&gt; Best regards,<br>
&gt;<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Tiago Marques<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On Tue, Sep 23, 2008 at 4:03 PM, Jochen Hub &lt;<a href="mailto:jhub@gwdg.de" target="_blank">jhub@gwdg.de</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Tiago Marques wrote:<br>
&gt;&gt; Hi!<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I&#39;ve been using Gromacs on dual-socket quad-core Xeons with 8GiB of RAM,<br>
&gt;&gt; connected with Gigabit Ethernet and I always seem to have problems scaling<br>
&gt;&gt; to more than a node.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; When I run a test on 16 cores, it does run but the result is often slower<br>
&gt;&gt; than when running on only 8 cores on the same machine. The best result<br>
&gt; I&#39;ve<br>
&gt;&gt; managed is not being slower than 8 cores on 16.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; What am I missing here, or are the tests inappropriate to run over more<br>
&gt; than<br>
&gt;&gt; one machine?<br>
&gt;<br>
&gt; How large is your system? Which gromacs version are you using?<br>
&gt;<br>
&gt; And have a look at the messages by Carsten Kutzner in this list, he<br>
&gt; wrote a lot on gromacs scaling.<br>
&gt;<br>
&gt; Jochen<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; Best regards,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Tiago Marques<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; _______________________________________________<br>
&gt;&gt; gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; ************************************************<br>
&gt; Dr. Jochen Hub<br>
&gt; Max Planck Institute for Biophysical Chemistry<br>
&gt; Computational biomolecular dynamics group<br>
&gt; Am Fassberg 11<br>
&gt; D-37077 Goettingen, Germany<br>
&gt; Email: jhub[at]<a href="http://gwdg.de" target="_blank">gwdg.de</a><br>
&gt; Tel.: +49 (0)551 201-2312<br>
&gt; ************************************************<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
--<br>
************************************************<br>
Dr. Jochen Hub<br>
Max Planck Institute for Biophysical Chemistry<br>
Computational biomolecular dynamics group<br>
Am Fassberg 11<br>
D-37077 Goettingen, Germany<br>
Email: jhub[at]<a href="http://gwdg.de" target="_blank">gwdg.de</a><br>
Tel.: +49 (0)551 201-2312<br>
************************************************<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div></div>
<br></div>