<div dir="ltr">Hi There,<br>I am trying to scale my system(system with 45000 atoms which is one protein molecule in water box) to run on more number of processor <br>I have asked a number of related queries, but now I am getting warning pasted below...<br>
<br>Fatal error:<br>Too many LINCS warnings (11587) - aborting to avoid logfile runaway.<br>This normally happens when your system is not sufficiently equilibrated,or if you are changing lambda too fast in free energy simulations.<br>
If you know what you are doing you can adjust the lincs warning threshold<br>in your mdp file, but normally it is better to fix the problem.<br><br><br><br>and the same run is running well with 20 processor, but I got the error pasted above in aan attempt to run the same problem for 40 processor...and it followed by writing the intermediate step.pdb<br>
<br>Can anybody suggest how should I tackle the problem, and what other option I can try in this scenario ?<br><br>With Thanks,<br>Vivek<br></div>