<div dir="ltr">Hello Tsjerk,<br clear="all"><br>while running pdb2gmx I was getting error like<br><br>h1 is not found while assigning improper dihedral<br><br>so
I just modified the forcefield(ffG43a1.rtp)file by default it was
considering ADE also inplace of considering DADE part only,so I removed
ADE,CYT,GUA part also(is it right to do so?)<br>
<br>after that I am not getting any error in this step.<br><br>Now the topology file that is generated is not having angle type and dihedral type <br><br>for example:<br><br>1.18&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20(which is nothing but the angle betwen OA&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp; OM)<br>

2.18&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22(OA&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA)<br><br>3.17&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; 20(CH1&nbsp; OA&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp; OM)<br>4.18&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; 23(OA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp; CH2)<br><br>then I searched in the ffG43a1bon.itp and get the values llike(I guess it is correct,you please give your suggestion)<br>

<br>1. ga_13(its given for OM&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp; OA)<br>2.ga_4&nbsp; (given for same)<br>3.gd_9&nbsp; &amp;&nbsp; gd_11 (given for -OA-P-)<br><br>I added these values to the topology file.It makes the grompp command running<br>I minimized the structure also but the problem I am facing is following:<br>

<br><br>Fatal error:<br>Group other not found in indexfile.<br>Maybe you have non-default goups in your mdp file, while not using the &#39;-n&#39; option of grompp.<br>In that case use the &#39;-n&#39; option.<br><br>Actually gromacs is not recognizing the DNA molecule.while running genbox command I found the following:<br>

<br>system is having <br>1687 :other residue(4 dna and 1683 water molecule)<br>0:protein <br>0:dna<br><br>Now what should I do?<br><br>I am sure that I am doin something wrong in the beginning itself<br>can you please help me in identifying that error or can you please send me a sample pdb file having dna molecules<br>

<br>with regards<br clear="all"><br>-- <br>PRASUN (ASHOKA)<br>
</div>