<div dir="ltr"><br><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; Hi Users,<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; &nbsp; &nbsp; I have extended the lipid bilayer(popc) from default<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; popc128a.pdb to<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 200 popc molecules with suffcient water by using genbox.<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; genbox -cs &nbsp;128a.pdb -o &nbsp;out.gro &nbsp;-p &nbsp;128a.top -box 9.2 9.2 6.9,<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;to the<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; out.gro(contain 200 popc) minimisation ran fine later swtich over<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; to *PR<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; with fc-1000 on P8,C51,C53 of popc and saw output_pr.gro in VMD<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;water has<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; weird strcuture(up side downs but popc structure is quite fine).<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; So I have reduced the pbc box size to 9 9 6.7 &nbsp;with *editconf<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; later I ran<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; minimsation and *PR, &quot;now water&quot; and POPC structures are &quot;fine&quot; but I<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; observed &quot;unequal water&quot;.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; What do you mean with &quot;unequal water&quot;?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Thanks for the response unequal water means &#39; when I noticed the<br>
&gt;&gt; intial 200popc.gro use VMD water molecules present bothsides almost same<br>
&gt;&gt; towards corners of the simulation box and centre of the above and below<br>
&gt;&gt; popc heads but after *PR one side of the leaflet bilayer corners have<br>
&gt;&gt; very less water (say 20 water molecules earlier 80 water molecules)<br>
&gt;&gt; looks at corners doesnt have water seems. I hope you understood my problem,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Probably your system isn&#39;t perfectly centered within the box and you are<br>
&gt;seeing &quot;diffusion&quot; from PBC.<br>
It is however not totally clear (to me) what is the problem. If it is a<br>
change of water density in a particular area of the simulation box, it could<br>
well be that the water distribution was not so &quot;ideal&quot; in your starting<br>
configuration.&nbsp;&nbsp; <br></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Justin suggestion &quot;run a bit longer&quot; is good. especially that you have not<br>
given us much information on that!<br></blockquote></div>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&nbsp; Thanks for the replies, I have run only 500ps *PR step and attaching pr.mdp file<br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp; popc restrained<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DPOSRES<br>
constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; all-bonds<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps !<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 250000 &nbsp;&nbsp; ; total 500 ps.<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 50<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<br>
nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; PME<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<br>
rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.4<br>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; xyz<br>; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Berendsen<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br>
ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 323&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 323<br>; Anisotropic pressure coupling is now on<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<br>pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; anisotropic<br>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>
compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5&nbsp;&nbsp; 4.5e-5&nbsp; 4.5e-5&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>; Energy monitoring<br>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL<br>; Generate velocites is on at 300 K.<br>
gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes<br>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 323.0<br>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 173529<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>Could you suggest me if any wrong in this pr.mdp file, may be this is trivial query <br>
As both of you said simulate bit longer, if yes will it cause equal distribution of water?<br>Thanks in advance. <br></div>