<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Thank you very much to Xavier for your valuable suggestion<br>

&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; Hi Users,<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; &nbsp; &nbsp; I have extended the lipid bilayer(popc) from default<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &nbsp; &nbsp; popc128a.pdb to<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 200 popc molecules with suffcient water by using genbox.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; genbox -cs &nbsp;128a.pdb -o &nbsp;out.gro &nbsp;-p &nbsp;128a.top -box 9.2 9.2 6.9,<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;to the<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; out.gro(contain 200 popc) minimisation ran fine later swtich over<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &nbsp; &nbsp; to *PR<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; with fc-1000 on P8,C51,C53 of popc and saw output_pr.gro in VMD<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;water has<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; weird strcuture(up side downs but popc structure is quite fine).<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; So I have reduced the pbc box size to 9 9 6.7 &nbsp;with *editconf<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &nbsp; &nbsp; later I ran<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; minimsation and *PR, &quot;now water&quot; and POPC structures are &quot;fine&quot;<br>
&gt;&gt; but I<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; observed &quot;unequal water&quot;.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &nbsp; &nbsp; What do you mean with &quot;unequal water&quot;?<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Thanks for the response unequal water means &#39; when I noticed the<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; intial 200popc.gro use VMD water molecules present bothsides almost same<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; towards corners of the simulation box and centre of the above and below<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; popc heads but after *PR one side of the leaflet bilayer corners have<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; very less water (say 20 water molecules earlier 80 water molecules)<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; looks at corners doesnt have water seems. I hope you understood my<br>
&gt;&gt; problem,<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Probably your system isn&#39;t perfectly centered within the box and you are<br>
&gt;&gt; &gt;seeing &quot;diffusion&quot; from PBC.<br>
&gt;&gt; It is however not totally clear (to me) what is the problem. If it is a<br>
&gt;&gt; change of water density in a particular area of the simulation box, it<br>
&gt;&gt; could<br>
&gt;&gt; well be that the water distribution was not so &quot;ideal&quot; in your starting<br>
&gt;&gt; configuration.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt; Justin suggestion &quot;run a bit longer&quot; is good. especially that you have not<br>
&gt;&gt; given us much information on that!<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; &nbsp;Thanks for the replies, I have run only 500ps *PR step and attaching<br>
&gt; pr.mdp file<br>
&gt; title &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp; popc restrained<br>
&gt; define &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;-DPOSRES<br>
&gt; constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;all-bonds<br>
&gt; integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;md<br>
&gt; dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.002 &nbsp; &nbsp;; ps !<br>
&gt; nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;250000 &nbsp; &nbsp;; total 500 ps.<br>
&gt; nstcomm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1<br>
&gt; nstxout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;50<br>
&gt; nstvout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1000<br>
&gt; nstfout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0<br>
&gt; nstlog &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;10<br>
&gt; nstenergy &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;10<br>
&gt; nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;10<br>
&gt; ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;grid<br>
&gt; rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0.9<br>
&gt; coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;PME<br>
&gt; rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.9<br>
&gt; rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.4<br>
&gt; pbc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;xyz<br>
&gt; ; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>
&gt; Tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;Berendsen<br>
&gt; tc-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;POPC &nbsp; &nbsp; SOL<br>
&gt; tau_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0.1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1<br>
&gt; ref_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;323 &nbsp; &nbsp; &nbsp;323<br>
&gt; ; Anisotropic pressure coupling is now on<br>
&gt; Pcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;berendsen<br>
&gt; pcoupltype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;anisotropic<br>
&gt; tau_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;2.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.0 &nbsp; &nbsp; 2.0 &nbsp; &nbsp; 0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<br>
&gt; compressibility &nbsp; &nbsp; = &nbsp;4.5e-5 &nbsp; 4.5e-5 &nbsp;4.5e-5 &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<br>
&gt; ref_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.0 &nbsp; &nbsp; 1.0 &nbsp; &nbsp; 0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0<br>
&gt; ; Energy monitoring<br>
&gt; energygrps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;POPC &nbsp; &nbsp; SOL<br>
&gt; ; Generate velocites is on at 300 K.<br>
&gt; gen_vel &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;yes<br>
&gt; gen_temp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;323.0<br>
&gt; gen_seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;173529<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Could you suggest me if any wrong in this pr.mdp file, may be this is<br>
&gt; trivial query<br>
&gt; As both of you said simulate bit longer, if yes will it cause equal<br>
&gt; distribution of water?<br>
&gt; Thanks in advance.<br>
<br>
Well nothing obviously wrong in the mdp file.<br>
It may be time to let the lipids free to move ...<br>
<br></blockquote></div><br></div>